Foldit: Desxifrar les 3D de les proteïnes jugant

En una de les nostres darreres entradas reflexionàvem sobre l'ús que se li podria donar a internet en el camp de la bioinformàtica, argumentant que a través d'internet persones amb inquietuds o aptituds en aquesta matèria que no poden treballar dins un laboratori, poden aportar el seu gra a diferents àrees.

Entre aquestes àrees anomenàvem el "desxiframent" e l'estructura tridimensional de les proteïnes. Les proteïnes, les grans "treballadores" de l'interior de les cèl·lules deuen les seves funcions i capacitats a com estan plegades. Les proteïnes són llargues cadenes d'aminoàcids units químicament mitjançant un enllaç peptídic. La virtud d'aquests enllaços és que no són rígids, poden presentar moltíssimes configuracions espacials (virtud per a la vida... perquè per als investigadors és un veritable trencaclosques).

Aquesta "flexibilitat" dels enllaços peptídics no és absoluta, depèn dels aminoàcids que hi ha a banda i banda de l'enllaç... Cada aminoàcid (i n'hi ha 20) té unes propietats físicoquímiques pròpies que generen unes càrregues al seu voltant. A l'unir-se dos aminoàcids aquestes càrregues -entre d'altres factors- influeixen en la possició que aquests adepotaran a banda i banda de l'enllaç. Si unim 2 aminoàcids qualsevols... obtenim 400 possibles parelles d'aminoàcids, unides per 400 enllaços peptídics "diferents" que poden adoptar, cadascun d'ells, diferents configuracions.

Ah! Si creieu que la cosa es complica, no ha fet més que começar. Quan a aquesta parella d'aminoàcids se li afegeix el tercer... els tres influeixen sobre tots els enllaços peptídics (dos en aquest cas). I les tirallongues d'aminoàcids que formen les proteïnes contenen desde decenes a milers d'aminoàcids! Si cada aminoàcid pot, potencialment, influir sobre la rest d'enllaços... ens trobem davant una veritable animalada de possibilitats.

Aquest és un dels grans (enormes, superlatius, descomunals, monstruosos) reptes als que s'enfronten els biòlegs moleculars aquest segle. L'alegria és que la ciència ja s'ha posat en marxa en l'ús d'internet per a aquests afers... Gràcies al meu gran amic David, m'he assabentat de la iniciativa Foldit, a través de la què es pretèn, mitjançant un joc tipus Tetris, utilitzar la "potència de càlcul" de milers d'usuaris i ordinadors, per tal de treballar sobre aquest complex i aparentment inabastable trencaclosques tridimensional. Si és que esta tot (o gairebé) inventat... com molt bé va dir -apòcrifament- el Comisionat de Patents Charles H. Duell ¡el 1899! (Tot el que pot ser inventat ja ha estat inventat).

Podeu obtindre més informació sobre Foldit a la seva pròpia plana web (http://www.fold.it), i en este artículo de R.Bosco y S.Caldana per a El País.

Image: Wikimedia