Mirar a ADSADN Mirar a Google

27/2/09

Sèrie completa. Biotolkien II. Desenvolupament embrionari

Després del primer lliurament de la sèrie Biotolkien (encreuaments) va arribar aquesta segona part centrada en el desenvolupament embrionari. Realment el món de Tolkien és adequat per parlar de desenvolupament? Si munteu sobre aquest drac alat sabreu com podria funcionar un dels poders de l'Anell Únic i, d'aquí, anirem, de nou, a la Comarca, per acabar sentint contes de huargs i mûmakils. Us sembla un bon inici d'aventura? O millor quedem en un apartat d'una posada del camí?

Aquí podeu veure els capítols d'aquesta sèrie divulgativa...

1. Els gen Hox
És impossible entendre el desenvolupament embrionari sense conèixer aquests importantíssims gens.

2. Dracs
Després d'una introducció teòrica, el plantejament d'un problema... d'on venen les ales dels dracs?

3. Teoria evolutiva dels dracs
Proposta de pasos evolutius que podrien haver conduït a l'aparició evolutiva dels dracs.

4. Evo-Devo
Interludi teòric sobre la relació entre el desenvolupament embrionari (Devo) i l'Evolució (Evo)

5. L'anell únic
L'anell únic? Aquí? L'amo no ens estima... Gollum. Gollum.

6. Pedohomes
Modificant el temps de desenvolupament de les espècies: Hòbbits.

7. Peramorfosis
Quan el temps es ralentitza apareixen huargs, mûmakils i... humans? Pedohomes o peraelfs?


Images: Wikimedia commons


Llegir l'article sencer

24/2/09

Manera friki de felicitar els 30 anys

Avui és un dia especial que mereix un regal especial. Està bé tenir una reproducció del diari del dia que vas néixer, amb Júpiter pressidint la portada, però sol ser un regal habitual. I la ciència? Què hi trobàvem aquell dia?

El 24 de febrer de 1979 es van publicar 218 articles, 3 d'ells reviews. Dels 3 reviews, un en anglés (Control farmacològic dels cicles reproductius), un en alemany (Canvis en les analítiques dels pacients ingressats a la unitat de medicina interna), i un en francés (Evolució recent (sic) de la metodologia psiquiàtrica a França, ¡ah! ¡vive le chovinisme!).

Aquell va se un dia políglota en el camp de les publicacions científiques ja que van treure número aquell dia les revistes British Medical Journal (amb un número dedicat als accidents de trànsit), el South African Medical Journal (escrita en Afrikaans), el Schweizerische medizinische Wochenschrift, La Nouvelle presse médicale, The Medical journal of Australia, el Nederlands tijdschrift voor geneeskunde i The Lancet.

Tots els articles tenien un perfil clarament clínic. No es va publicar cap article de genètica o de biologia molecular. I és que aquestes dues disciplines han viscut un autèntic boom que el 1979 encara havia d'arribar.

Per acabar, els articles més curiosos:


Llegir l'article sencer

22/2/09

Expasy: Mapa general de les rutes cel·lulars

Parlàvem fa poc de la complexitat de les vies metabòliques i de senyalització de la cèl·lula. Doncs acabo de veure, via Menéame, aquesta imatge en la que es pot apreciar, amb un sol cop d'ull, la complexitat de les reaccions metabòliques d'una cèl·lula, aquelles reaccions que transformen els compostos orgànics d'uns als altres per a obtenir determinades molècules, o energia.

De la imatge voldria destacar els dos cicles centrals i les dues espirals de l'esquerra.

  • El cicle gran és el cicle de Krebs o cicles dels citrats. És mitjançant aquesta sèrie de reaccions seqüencials que les restes de la molècula de glucosa pasen a CO2 i molècules energètiques.
  • El cicle més petit, situat sota el primer, és el cicle de la urea. Mitjançant aquest cicle degradem les proteïnes. Si aquest cicle falla, pot pujar l'àcid úric, provocant gota.
  • Les espirals representen les reaccions d'oxidació dels àcids grassos. Aquestes reaccions permeten aprofitar l'energia present en aquests compostos. La base dels àcids grassos és el seu esquelet de carboni, una tirallonga de carbonis de longitud variable. Mitjançant les reaccions en espiral es van reduïnt, de dos en dos, aquesta cadena de carboni, obtenint molècules energètiques en el procés.

Agermanada amb aquest enorme esquema, trobem aquesta altra imatge en la que podem apreciar les relacions entre els diferents processos cel·lulars i moleculars que coneixem actualment. Impressionant, no creieu?

I ja que estem, aprofito per recomanar-vos la pàgina que allotja aquestess imatges: Expasy, del servei de proteòmica de l'Institut Suïs de Bioinformàtica. En aquesta pàgina trobareu enllaços a bases de dades i eines per treballar i entendre la bioquímica i la biologia molecular.


Llegir l'article sencer

20/2/09

A l'(ADS)L: entrades interess(ADN)ts, 20-02-09

Aquesta setmana hem llegit i us recomanem:


I a més:

  • Cèl·lules artificials: models simples per a estructures complexes (en anglès) de Biosingularity. Fer una cèl·lula artificials els hi sembla una tasca "simple"? En llegir l'entrada queda més clar que el que han realitzat és un model de citoplasma, el líquid que contè les proteïnes i els orgànuls cel·lulars. El citoplasma no seria tampoc senzill, però ho és més que una cèl·lula. Acceptem pop com a model simple?

  • Las bacterias activan, por 'control remoto', virus que son letales para otras bacterias d' Ecuador ciencia. Molt bona explicació tot i que amb un títol desafortunat. El treball de l'equip valencià de José R Penadés tracta de la diferent mortalitat que s'observa en os bacteris diferents en presència d'aigua oxigenada (generada per una d'elles). I la clau d'aquesta mortalitat es troba en un virus que "passaba per allà". No hi intencionalitat ni dels bacteris ni del virus. Tan sols selecció natural. I pel títol podria semblar que un dels bacteris és Michael Night i el virus, Kit. I no és així. Llegint la fantàstica explicació de l'entrada entendreu el perquè.

  • El peyote d'El calaix d'Arquimedes. Interessant entrada sobre aquesta planta tan emprada a Mèxic.


Llegir l'article sencer

18/2/09

Biomimicry, aprendre de la natura. Velles idees, nous vestits

Fa uns dies, en Dani em va fer arribar aquest link: Solar botanics en què s'explica el projecte de biomimentitzar arbres amb petites plaques solars en forma de fulles. Aquestes fulliplaques solars transformarien la llum, el calor i el vent en energia aprofitable. Els mimearbres tindrien d'altres utilitats, com queda clar en aquesta altra pàgina.

He estat mirant-me els vídeos a youtube sobre "biomimicry", una cosa així com "biomimetisme". La idea no és dolenta. Moltes de les tecnologies que intentem desenvolupar ja existeixen a la natura, perfeccionades per milions d'anys de sel·lecció natural. Els fils de les aranyes són millors que moltes de les nostres fibres, les closques de certs animals són més resistents que les armadures, les fulles dels arbres són més eficients que les centrals solars, els fongs són millors recicladors del que mai arribarem a ser, etc. El "biomimetisme" defensa, o això he entès, l'estudi d'aquests "invents" de la natura per al nostre aprofitament. perquè així serà tot molt més... ecològic. Segur?

Si per fabricar els fils de les aranyes cal un procés industrial complex i contaminant, no ho veig molt ecològic. Si es desenvolupes els mimearbres i funciones... no creieu que necessitarem grans extensions d'aquests mimearbres per tal de produir molta energia? On es plantarien? A antics boscos?

En fi... la idea no és dolenta. Ni és nova. Moltíssimes de les coses que fem servir ja són "biomimètiques". Als neobiomimètics els hi falla la presentació de les seves idees, més properes al Karma que a un laboratori. Com a mostra, un botó:



Si traieu l'audio i us imagineu que us estan explicant un conte per a nens, funciona. Si els hi soposeu una explicació sobre com el deu aranya va crear la closca del món, també. Si narreu per sobre la història de l'adeveniment final dels aliens d'Aldebaran i les proves de què disposem, també. Un vídeo molt versàtil. I, què dir de la música final, directament inspirada en Lost?


Llegir l'article sencer

15/2/09

Sèrie completa: Lab basics, què es fa en un laboratori?

Estem més que acostumats a veure guants agafant una placa de color vermell a una mà i una menra de llapis gruixut (pipeta) a l'altra. És la imatge arquetípica del científic modern amb la que ens obsequien tots els canals de televisió sempre que parlen d'algun nou descobriment -fet per catalans- en bioquímica o biologia molecular. És la única cosa que s'hi fa? Com es cuinen els articles científics? En aquesta magnífica sèrie divulgativa, l'Helena ens explica les tècnique més comuns emprades als laboratoris, tècniques mundanes i repetitives per treure-li "santedat" i "anunciació" al treball de científics i becaris. Imprescindible.

Aquí podeu veure tots els seus capítols:

0. Introducció
Declaració de principis de la sèrie

1. Horts de cèl·lules
La matèria primera amb la que treballen tots els laboratoris: cultius cel·lulars. Com mantenir amb vida cèl·lules immortals?

2. Purificant l'essència
El DNA y el RNA no són abstraccions de la ment d'uns perturbats. Existeixen. I es pot treballar amb ells. El primer pas és obtenir dissolucions pures de DNA o RNA. Aquí podreu saber el com.

3. Fotocopiant àcids (I)
Les quantitats de DNA i RNA obtingudes són ínfimes. Per treballar amb elles es necessita de l'ordre de milions de còpies idèntiques de cada fragment. La PCR ens treurà d'aquest cul-de-sac.

4. Fotocopiant àcids (II)
La PCR és la tècnia en biologia molecular i genètica. Segona entrada sobre aquesta tècnica. Per pujar nota.

5. Analitzant seqüències
Un cop tenim les còpies, s'ha de saber llegir-les. Llegir les lletres del DNA és el que ens ha permès seqüenciar el genoma humà. En aquesta entrada coneixereu com es seqüencien els àcids nuclèics.

6. Clixant biomolècules (I)
Faraday i Maxwell dins una malla d'algues. Somni dalinià? No, la base de tots els anàlisis

7. Clixant biomolècules (II)
La rosa dels vents. Per què l'est no té cabuda en un laboratori. Amic, aquest gel no és prou gran per a tots dos.

8. Retalla i enganxa. Dissenya el teu propi clon
Tan sols amb la seqüència de nucleòtids no es pot treballar sobre el DNA. Necessitem manipular-lo. Els bacteris tenen les seves pròpies tissores. I hem après a usar-les. El collage portat al límit.

9. Fàbriques de proteïnes
Tancant el cercle, tornem als cultius cel·lulars, els quals utilitzare com a productos de la proteina que haguem dissenyat amb la resta de tècniques. Així es produeix, per exemple, la insulina injectable actual.

10. Pinta i coloreja (cèl·lules)
Un dels millors passos que ha donat la biologia molecular: poder pintar en colors les proteïnes de la cèl·lula. El cinemascope cel·lular.


Llegir l'article sencer

13/2/09

El jardín de los senderos que se bifurcan. Tresors i vies de senyalització

Els tresors amagats sempre han fascinat a la humanitat. Des del Velló d'or fins la Illa del Tresor, passant per El món està boi, boig, boig o Els Goonies, els viatges, els perills, els misteris, s'associen inevitablement amb la cerca d'una recompensa, material o no. Per arribar al lloc marcat per la X tan sols cal recuperar els fragments del mapa que ens conduiran fins a ell. A vegades el tresor és material; en d'altres, l'enriquidor coneixement.

Fa gairebé 60 anys es va descobrir l'estructura del DNA. El primer fragment del mapa. Es va desfernar aleshores la cursa de la biologia molecular, amb el seu dogma inicial: "El DNA es transcriu a RNA, i aquest es tradueix a proteïnes". A partir d'aquest moment cada investigador va escollir el seu tresor.

Va haver-hi intrèpids aventurers que van voler saber com s'obtenia energia a partir del sucre. Un d'ells va ser Hans Adolf Krebbs (encara no sir), qui, amb l'ajuda dels seus oblidats becaris i col·laboradors, va descriure el cicle de duu el seu nom: El cicle de Krebs. Per descubrir aquest cicle van haver de reunir les 10-12 parts del seu particular mapa del tresor. I va veure que totes encaixaven. I va veure que això era bo. I va descansar.

Però no tots els mapes del tresor s'han mostrat tan... tancats; tan acabats. Dins la cèl·lula hi ha una enorme quantitat de proteïnes diferents. Algunes d'elles, com la decena de peces del cicle de Krebs, "fan coses", són enzims. En el cas dels enzims del cicle de Krebs, són capços de transformar uns hidrats de carboni en d'altres. Canvien de lloc hidrogens, treuen un carboni generant diòxid de carboni, etc...

D'altres proteïnes tenen funcions diferents. S'uneixen a altres proteïnes i els hi "passen" una senyal. La magues. Aquesta senyal pot ser, per exemple, un fosfat (un àtom de fòsfor amb 4 d'oxigen). Si ets una proteina determinada, que et marquin amb un fosfat et canvia. Ja no ets la mateixa. El fosfat altera la teva estructura i pot donar-te poders (com els rajos gamma), o treure-te'ls (com la kriptonita). Un d'aquests poders pot ser passar-li un altre fosfat a una alatra proteina.

Però les proteïnes no li donen el fosfat a qualsevol. No són tan promísqües. Cada proteina tan sols pot rebre fosfats d'unes proteïne concretes, i donar-los-hi a d'altres també determinades. Així, es van teixint veritables xarxes de "comunicació" entre proteïnes que poden passar-se la informació entre elles. Aquestes xarxes són les que fan funcionar les nostres cèl·lules.

I on està el tresor? Doncs hi ha moltíssimes recompenses amagades cercant al valent que vulgui excavar sota la palmera. Des de les cèl·lules mare fins el càncer. Desde la resposta immunitària fins a malformacions de naixement. Tot. On està doncs el problema? Els maes dels tresors són molt més complexes del que es podia preveure. ALguns, fins i tot, comparteixen fragments amb d'altres. Imagineu-vos trobar-vos 100 mapes de 100 fabulosos tresors trencats en bocins tan petits que en cadascun d'ells només hi ha una lletra -millor, un ideograma-. I tots escrits amb la mateixa lletra. Quant creieu que trigaríem en ordenar-los tots? Crec que Pierre Menard acabaria abans.

Per aquells que tingueu curiositat per veure la complexitat d'algunes d'aquestes vies, i de pas fer-vos una idea de en quin estat es troben les tasques de "reconstrucció" actuals, us deixo una sèrie de links sobre aquestes vies de senyalització i metabòliques.
Biocarta
Pathways, de la Universitat d'Akron
Kegg standard pathways


Imatges:
1. Ruta de la glucòlisi (sé que us sonarà a xinès). Wikimedia commons
2. Cicle de Krebs. Wikimedia commons
3. MAPK pathways. Wikimedia commons.


Llegir l'article sencer

11/2/09

A l'ADSl: Entrades interess(ADN)ts, 11-02-09

Abans de res, disculpar-me per haver oblidat aquesta secció que sé que alguns aprecieu, però el treball apreta... intentaré recuperar els bons costums

La setmana pasada vem llegir i us recomanem:

  • De la mateixa família que el protagonista de la darrera sèrie, FoxP2, ens trobem amb el gen FOXO3A, al que ja han batejat (brrrrr, calfreds per l'esquena) com el gen de la longevitat. Podeu llegir la notícia a Tendencias21, i a Inmortales y perfectos
  • Vaja pàjarus. De Nòmades. Divertida entrada per a conèixer l'intel·ligència de certes aus, corbs i kees, que no tenen res a veure amb cap empresari suec.


I a més us recomanem...


Llegir l'article sencer

8/2/09

Efecte menéame

Uau. Segueixo en estat de shock.

Avui he entrat al blog per veure com anaven les visites i els comentaris i m'he trobat amb una immensa quantitat de comentaris a les entrades de Biotolkien I, versió castellana. Què estrany. Normalment tenim molts més comentaris en català. Tan bé haurà funcionat l'entrada recopilatòria?

Afalagat i intrigat, he entrat a l'Statcounter per veure què havia passat i m'he trobat amb la següent dada: si durant el que duem d'any ens han visitat una mitjana de 50 persones diàries en castellà i 50 en català, en el que duem de dia (diumenge, a les 6 de la tarda) ja hem rebut 100 visites en català i 5.000 en castellà... (!). I tot gràcies a que algú ens ha meneado i ens ha penjat a La tafanera l'entrada. Moltes gràcies per considerar que pagava la pena compartir-la. Ara ja sé quin és l'efecte menéame de què hem parlava el Javi.

I ja que us tinc aquí, m'agradaria comentar-vos un parell de cosetes sobre la sèrie. Aquesta sèrie va ser una manera d'intentar explicar certs conceptes de biologia d'una manera divertida i amena, triant com a teló de fons el món de Tolkien; aquest, dons, era l'excusa, el fil argumental per a conduir "el temari" de les sèries. Espero haver contribuït a deixar un pèl més clar algun dels conceptes que s'ha tractat en elles.

En referència a la meva "particular" manera de veure el món de Tolkien... m'agradaria afegir que no sóc, ni molt menys, un expert en ell, com molts de vosaltres ja haureu detectat. Algunes de les "llacunes" les habia oblidat aposta (perquè me les reservava per a més endavant, o perquè no les considerava primordials) mentres que d'altres no han aparegut per causa del meu desconeixement. tan sols espero que amb el que s'ha explicat en aquesta, la primera de les sèries, pogueu deduir si aquestes races que he omès só o no són integrants d'"espècies" més àmplies.

Moltíssimes gràcies pels vostres comentaris. En breu recolliré les entrades de la segona sèrie (Biotolkien II. Desenvolupament), però abans aniran les de Lab Basics de l'Helena, i alguna que altra entrada. Si la feina m'ho permet intentaré posar-me les piles amb la següent ronda d'entrades de Biotolkien, dedicades als Ents. Ens veiem!


Llegir l'article sencer

6/2/09

Inflamació, reparació de fibres musculars i fibromiàlgia

En un dels comentaris de l'entrada "Falses esperances a les notícies de ciència", Francisca ens remetia a un article aparegut a 20 minutos sobre la fibromiàlgia. Cal ser justos: si en aquella entrada em queixava del pobre i sesgat tractament d'una notícia sobre un possible tractament per a certs càncers de mama publicat a ADN, haig de reconèixer en aquesta ocasió que l'article d'A. Zanón per a 20 minutos es mereix una nota alta. És clar, concís, riguròs, i deixa clar en tot moment que es tracta de resultats preliminars; importants, però preliminars. A més, cita a un dels autors del treball (Jordi Carbonell de la Unitat de Fibromiàlgia de l'Hospital del Mar de Barcelona).

La fibromiàlgia és una malaltia que afecta principalement a dones i que es manifesta en una constant sensació de dolor en músculs i articulacions. No fa tant que ha començat a ser diagnosticada com a tal i no com un mal de gent que no para de queixar-se. Tot un pas endavant. Des del seu "reconeixement" com a malaltia s'ha obert el veritable camí per tal de descobrir el seu perquè. Per què fa mal tot? El treball dels investigadors de l'Hospital del Mar ha trobat per primer cop una alteració física a nivell de les fibres musculars. Els que hem patit algun cop una ruptura de fibres (el bàsquet té aquestes bromes= podem fer-nos una lleugera idea del dolor que han d'aguantar siàriament les persones afectades.

A la notícia de 20 minutos també es parla de l'alteració de la concentració del TNF-alpha que els pacients presenten a la seva musculatura. El TNF-alpha és una citoquina, una molècula secretada per les cèl·lules del nostre cos, involucrada en la resposta immunològica i inflamatòria. Tot i que normalment una inflamació s'associa amb una situació no molt agradable (cuida't el turmell, Vero), la inflamació és, molts cops, el pas previ a la reparació del teixit. En el cas de les fibres musculars aquest sembla ser el cas. Per tant, trobar nivells baixos de TNF en pacients amb fibromiàlgia indicaria que no es disparen els mecanismes inflamatoris que haurien de irigir la reparació de les fibres musculars. (Image: Wikimedia commons)

Cercant més detalls sobre aquesta investigació m'he trobat amb pàgines en les que està molt ben explicada... i per a què explicar alguna cosa, quan un altre ja ho ha fet perfectament:


Aquests resultats encara no han estat publicats en cap revita científica (creieu-me, m'he tornat boig buscant al PubMed) sinó que s'han donat a conèixer en el Congrés de l'American College of Rheumatology (CR/ARHP 2008, San Francisco), del que podeu veure els resultats més rellevants aquí i aquí.

I per acabar amb les "lectures recomanades" us deixo tres enllaços a articles científics de lliure accés dels dos darrers anys:.
Image: Wikimedia commons


Llegir l'article sencer

3/2/09

Sèrie completa. Biotolkien I. La biologia del món de Tolkien. Encreuaments entre les races.

¡Ei!

Fa temps que tenia a la recàmera fer alguna entrada de "recull" de Sèries Divulgatives, en la qual us presentés, ordenats, els enllaços a tot una sèrie divulgativa, per a que no haguessiu d'anar sempre a la barra lateral (I, per què negar-ho, em permet superar el dia -com avui- en què no tenia res preparat). Celebrant que fa poc vaig poder acabar la sèrie sobre FoxP2, aquí us deixo la primera.

La primera sèrie que va veure la llum en aquest blog va ser Biotolkien, en la que intentavem (inútilment?) discernir la relació filogenètica entre les suposades "races" descrites per J.R.R: Tolkien.

1. Introducció
La més friki de les entrades, on es presenten les diferents "races" o espècies de què es parlarà.

2. Espècies y semi-elfs
Són humans i elfs la mateixa espècie?

3. Humans, elfs i uruk-hais
Quines condicions s'han de donar per tal de considerar que dues espècies són la mateixa espècie? També presentàvem als veritables protagonistes d'aquesta història: Els uruk-hai.

4. El sexe dels Uruks
Viatge a la intimitat d'aquestes criatures nascudes de la "ingenyieria genètica medieval".

5. La cohabitació amb els Uruks
On pasem de puntetes pel que podria passar si orcs i humans anessin junts al llit, i ens apropem al microscòpic món dels gamets orquils

6. L'adicció a l'alcohol dels gamets
Prengui una mesura d'óvuls humans; afegeixi dues parts d'espermatozous d'orcs; posi un glaçó de gel en granadina; i serveixi en copa de martini estreta. Prendre molt fred i com un shot.

7. Uruks muls
Per a què parlar d'Ombragrís, si pots parlar de muls? Què té a veure amb els Uruks? Ah! Haureu de llegir-vos l'entrada...

8. Humacs i orans
Tigres, tigres; leones, leones. I de Torrebruno, a la miostatina i com aquesta molècula pot ser la responsable de la mítica força d'aquestes criatures (els uruks). Seran humacs o orans?

9. Wolpoff y la teoria zoofíl... perdó, multirregional
Podien els humans creuar-se amb tots els homínids que els hi sortien al pas? Considerarien als orcs dignes de la seva, digues?

10. Nans i hòbbits
I, per finalitzar, dirigim les nostres mirades un pèl més cap el sól, cap a les "races" més petites i -llei novel·lesca- més importants al final. Podrien creuar-se amb els humans? Voldrien?


Llegir l'article sencer

1/2/09

Llibres de divulgació científica a Google per fullejar

Els que ja fa un temps que ens seguiu sabeu que, de tant en tant, procurem parlar-vos d'alguns llibres de divulgació científica que haguem llegit (podeu trobar-ne uns quants aquí). Molts cops acompanyem -o ho intentem- la ressenya amb una imatge de la portada. El que no sabia és que podríem haver acompanyat les entrades amb mostres del llibre que es poden trobar, en alguns casos, a Google llibres. Avui us en deixo algunes, per si les hi voleu dona una ullada:

El genoma fluid (comentat aquí)
Convivint amb transgènics (comentat aquí)
Alice in Quantumland (comentat aquí).

La resta de llibres comentats no tenen vista prèvia (o no he esta capaç de trobar-la).

Bonus tracks

Llibres interessants no comentats però que paguen molt la pena:
Òrgans a la carta.
Quan erem caníbals.
Cosmos de Carl Sagan en català.


Llegir l'article sencer