Bioquímica per a tothom. 6. Nomenclatura dels aminoàcids

Un parell d'apunts sobre els aminoàcids proteics: la seva nomenclatura (que tractarem en aquesta entrada) i la seva essencialitat (que tractarem a la següent).

Nomenclatura
Cada aminoàcid proteic presenta tres noms:

1. El llarg: Cisteïna, Histidina, Alanina...
2. El triple: Cys, His, Ala...
3. El curt: C, H, A...

Amb els exemples que us he donat, pot semblar que la conversió nom llarg - nom curt és senzillísima: només caldria indicar la inicial. Desgraciadament no és així. Com que hi ha aminoàcids que comparteixen inicial, es va haver de fer una nomenclatura estàndar que evitès repeticions. Així, l'àcid glutàic (un aminoàcid), es representa amb la E; l'Arginina, amb la R... Per veure els tres noms de cada aminoàcid us recomano aquesta entrada de Wikipedia.

Aquestes abreviatures són necessàries degut a que els aminoàcids pertanyen a proteïnes: llargues tires d'aminoàcids units per l'enllça que veurem ben aviat. Com que aquestes cadenes poden arribar a superar el miler d'aminoàcids, no era molt útil treballar amb els noms complets dels aminoàcids. Ni tan sols amb els noms dels triplets. Per a que entengueu millor l'avantatge de la nomenclatura "curta", aquí us deixo la seqüència d'una proteïna (pregunta per pujar nota: de quina proteïna es tracta? Us deixo usar el PubMed). És una proteïna petita de "només" 367 aminoàcids. Us imagineu que en comptes de cada lletra hi possessim el nom llarg? Seria una informació inútil.

MVMEVGTLDAGGLRALLGERAAQCLLLDCRSFFAFNAGHIAGSVNVRFSTIVRRRAKGAMGLEHIVPNAELRGRLLAGAYHAVVLLDERSAALDGAKRDGTLALAAGALCREARAAQVFFLKGGYEAFSASCPELCSKQS
TPMGLSLPLSTSVPDSAESGCSSCSTPLYDQGGPVEILPFLYLGSAYHASRKDMLDALGITALINVSANCPNHFEGHYQYKSIPVEDNHKADISSWFNEAIDFIDSIKNAGGRVFVHCQAGISRSATICLAYLMRTNRVK
LDEAFEFVKQRRSIISPNFSFMGQLLQFESQVLAPHCSAEAGSPAMAVLDRGTSTTTVFNFPVSIPVHSTNSALSYLQSPITTSPSC