Mirar a ADSADN Mirar a Google

31/8/08

JoVE: Veure el que mai s'ensenya.

Gràcies a un comentari d'Ulises a l'entrada Magnetocepció hem pogut conèixer la plana web JoVE, una "revista" en la qual els articles, a més de la versió escrita, es mostren mitjançant un vídeo.

Aquests vídeo-articles són realment interessants perquè es poden veure els passos que se segueixen als experiments, fet que molts cops queda relegada a la trista i curta secció de "Materials i Mètodes", a la què, per a què enganyar-nos, molts cops s'"amaga" informació.

A part de l'article recomenat per Ulises, en el que es pot gaudir dels mètodes de treball de neuròlegs que estudien el comportament del vol de les mosques (un treball fi, finíssim), vull destacar aquest altre, en el que es poden seguir pas a pas, l'obtenció d'una enorme quantitat d'ous de granota, emprats a l'estudi del desenvolupament embrionari. Gràcies a aquests ous es van poder identificar, entre d'altres, els gens que determinen "davant-darrera" (cap-cua), "adalt-abaix" (panxa-esquena), i cadascuna de les capes de cèl·lules que es diferenciaràn en teixits i òrgans concrets. Aquests gens van resultar ser els mateixos per a tots els animals... però estic fugint d'estudi (he trobat l'expressió correcta en aquest particular F1)

Resumint: JoVE, una "revista" científica a la que dedicar mitja hora per tal d'al·lucinar amb algunes de les tècnquies que s'expliquen als seus video-articles.


Llegir l'article sencer

30/8/08

El Cell de la setmana

I aquesta setmana a la revista Cell podem trobar, entre d’altres, els següents continguts:

  • L’us de RNA a la terapia contra el virus del VIH. El RNAi és una tècnica de silenciament gènic que consisteix a utilitzar petites molècules de ADN o ARN (DNA o RNA segons les sigles en anglés) que bloqueigen l’expressió de gens específics, en aquest cas gens esencials per a la replicació del virus. A més, aquesta acció pot dirigir-se a cèl.lules concretes, per exemple els linfòcits infectats pel virus i no els sans. D’aquesta manera s’ha aconseguit disminuir la infecció pel virus en un model en ratolins.
  • Reciclatge molecular. El món a escala molecular reprodueix el que succeeix a escala humana ( o potser és al revés?) La proteòlisi és un procés mitjançant el qual les proteïnes que ja no són necessàries són inactivades, translocades (transportades d’un lloc a un altre dins la cèl.lula) i/o degradades. Però sembla ser que, en alguns casos, la proteòlisi de determinades proteïnes de la via d’apoptosi (una mena de mecanisme de suïcidi molecular programat) dóna lloc a altres proteïnes més petites i actives de nou. Això s’ha pogut determinar gràcies a una nova plataforma proteòmica anomenada PROTEOMAP.
  • Els mascles i les famelles tenen trets que els diferencien. No, aquesta no és la novetat. Com us deia, els mascles i les famelles de totes les espècies, a part de tenir òrgans sexulas diferents, presenten també altres característiques sexuals secundàries que els diferencien (la melena dels lleons mascles o les espectaculars cues d’alguns galls dindi, per exemple). Es coneix basgtant de les funcions ecològiques d’aquests trets, però gairebé no es conèixen gens els mecanismes d’evolució i la regulació de la seva expressió. Aquesta setmana, uns científics americans (com no) han publicat un treball en el que estudien com apareix un d’aquests trets en Drosophila (la mosca de la fruita i un dels organismes més ampliament utilitzats als estudis genètics).
  • Trobem un estudi sobre el mecanisme pel qual certes proteines s’anclen a la membrana plasmàtica. Portar una proteïna a un lloc de destí correcte no és feina fàcil. Requereix d’unes senyals determinades que permetin el seu direccionament a un compartiment cel.lular concret. En un nou estudi es descubreix que sembla ser que les proteïnes de la família Get estan implicades en el reconeixement d’aquestes senyals de localització subcelular i en la translocació de les proteïnes anclades a la membrana.


Llegir l'article sencer

23/8/08

Magnetocepció: blau elèctric i blau magnètic


Els éssers humans som animals limitats per la nostra línia evolutiva. Entenem el món a través dels rangs de "escanejat" dels nostres cinc sentits. I d’aquí no ens podem moure. Ens costa horrors imaginar-nos com deu olorar el món per als cànids, com deu ser veure en llum ultraviolada, escoltar tons més greus o més agut, o detectar canvis elèctrics a l’aigua mitjançant la nostra inexistent línia lateral.

El món dels éssers vius està ple de receptors especialitzats en detectar variables diferents a les que nosaltres som capaços de detectar, o amb un rang diferent de les quenosaltres sí podem "sentir". La magnetocepció, la percepció de camps magnètics, és un d’aquests sentits.

Molts animals migratoris tenen magnetoreceptors que els hi marquen el camó a seguir en el seu peregrinatge. El paradigma d’aquests animals són les aus, tot i que també es troben en rèptils, insectes i bacteris (magnetobacteris).

Aquests magnetoreceptors contenen magnetita, una forma de ferro rovellat, que, com el seu propi nom indica, té propietats magnètiques inherents a la seva composició.
Aquesta magnetita respon als canvis magnèticas de la terra i és aquesta resposta la que s’integra en forma d’información neuronal.

Curiosament, els humans també tenim un petit dipòsit de magnetita a l’os etmoide, al nostre nas… pot ser que tinguem l’habilitat de detectar variacions magnètiques i qe no en siguem conscients, perquè les vies neuronals no passen pel còrtex cerebral? Seria una interessant investigació, no creieu?


Al darrer número de Nature, s’ha publicat un article en el què vinculen la percepció del magnetisme en les mosques del vinagre amb un altre tipus de receptors. Aquests investigadors treballen amb el receptor Cry, un fotoreceptor especialitzat en captar les ones lumíniques del blau i la ultraviolada. Les mosques responien a variacions en el camp magnètic si rebien llum "completa". Si es filtraba la llum per a que no els hi arribès gens de llum blava o ultraviolada, les mosques no responien als canvis magnètics. Perdien el nord.

Treballant amb mutants deficients en el gen per a la Cry, és a dir, mosques "cegues" exclusivament per a aquestes longituds d’ona, van veure qe, fins i tot sota llum sense filtrar, aquestes no responien a canvis en el camp magnètic.

Utilitzant una eina a disposició de tothom en la que es poden comparar seqüències de nucleòtids en diferents bases de dades (BLAST) he intentat trobar aquest gen (la seqüència del qual és també de "coi obert", aquí), o un derivat, en el genoma humà. La cerca no ha donat cap resultat relevant. Els humans no tenim aquest gen en concret. De fet, repetint la cerca en les bases de dades d’mRNA, només apareixen aquests gens en els genomes de les espècies del gènere Drosophila, petites mosques.

El fet que els resultats no siguin extrapolables a humans, no li treu novetat a l’article. Dos sentits, en aparença sense res a "veure", connectats, no ja a nivell de neurones, sinó a nivell de receptor. Es podria considerar que les mosques són sinestèsiques per al blau i el magnetisme? En comptes de blau elèctric, veuran el blau magnètic?


Llegir l'article sencer

17/8/08

Tot mirant enrere

I per seguir amb la recent dinàmica del blog, avui també parlarem de l’Antàrtida. No sé vosaltres, però jo quan penso en aquest continent em ve al cap una extensió enorme de terreny glaçat i erm, habitat només per efímers grups d’ agosarats expedicionaris una mica malament del terrat (per què no em negareu que per passar setmanes recorrent-la, assetjats pel fred i el vent s’ha de tenir un punt de bogeria). Però on avui només passegen aquests aventurers va ser una vegada una terra fèrtil i llar de nombroses espècies d’animals i plantes.


Fa 14 milions d’anys es va produir brusca baixada de 8 graus Celsius a la temperatura del continent. Tot i que 8 graus pot no semblar-nos gaire cosa, és un refredament prou important com per impossibilitar la vida de nombroses espècies. Durant aquest refredament, van desaparèixer de l’Antàrtida nombroses plantes i també alguns insectes i la tundra de l’interior del continent va desaparèixer i es va cobrir d’un gel perpetu (Penseu que, tal i com molt bé ens ha explicat el Quim, la desaparició d’una espècie en un hàbitat determinat pot tenir greus conseqüències sobre les altres espècies que depenen d’ella).

Aquest mes un grup d’investigadors desplaçats a aquestes terres ha descobert a les valls seques de McMurdo unes restes fòssils que pertanyen a organismes terrestres i lacustres que hi vivien durant aquest període de refredament. Aquest descobriment és de gran valor científic en primer lloc per l’extraordinari grau de conservació de les restes i, en segon lloc, per què fins ara s’havien trobat molt pocs fòssils a l’Antàrtida. De manera que aquesta troballa és un gran tresor per als investigadors ja que pot aportar molta informació sobre la manera com es va produir aquest gran refredament i les dades obtingudes serviran per crear models per a estudiar el canvi climàtic.

Una primera anàlisi de les restes desvetlla que existeix una sorprenent semblança entre aquests antics animals i d’altres existents avui en dia en altres parts del món, el que reflexa la bona adaptació d’aquests animals als seus habitats. Una segona anàlisi més en profunditat indica que aquests no han patit cicles de congelació-descongelació sinó que s’han mantingut glaçats des de fa 14 milions d’anys. Si tenim en compte que durant tot aquest temps a la Terra hi ha hagut moments que la temperatura global era més alta de l’actual (i ho tornaran a ser com a conseqüència de l’escalfament global), és sorprenent que l’Antàrtida no patís cap mena de descongelació. Això permet concloure que la capa de gel que la cobreix és molt consistent i reforça la idea que el canvi global és un procés complexe però no uniforme, ja que sembla afectar de diferent manera uns punts i altres de la geografia mundial.

Tot i la quantitat d’informació que aporta aquesta troballa, la causa d’aquest canvi sobtat a la temperatura del continent encara es desconeix. Mentre alguns autors aposten per una baixada als nivells de CO2 com a responsable del canvi, altres veuen més factible que fos degut a un moviment a les plaques tectòniques.

I l'inevitable pregunta és: és possible que estiguem presenciant la desfeta d’un gel que ha aguantat milers d’anys?


Llegir l'article sencer

14/8/08

Aquesta setmana a Nature (14-08-2008)

Aquesta setmana a Nature:

  • Al congrés de la Societat Internacional de Primatologia celebrat a Edinburg... s'han donat a conèixer dues dades: una bona (l'últim recompt de goril·les vius ha generat un nombre major que l'esperat), i una de dolenta (en els propers deu anys la meitat de les espècies de primats -el nostre propi grup- estaran en perill d'extinció). Aquesta darrera dada no hauria de preocupar tan sols als ecologistes altruistes; donada la proximitat evolutiva de les espècies d'aquest grup, mantenir-les fora de perill d'extinció és una finalitat egoïsta, ja que ens permet aprendre molt més sobre el nostre origen, dels camins evolutius que no es van prendre, i de per què som com som.
  • El famòs Jared Diamond..., autor de llibres de divulgació científica com Armas, Gérmenes y Acero o ¿Por qué es divertido el sexo? parla sobre l'extinció del cangur gegant a Tasmania durant la gran extinció de la megafauna, fa uns 14.000 anys, la qual va esdevenir en paral·lel a l'arribada dels humans als seus hábitats (¿casualitat? No ho crec pas)
  • El que ens queda per saber. Determinats fàrmacs disminueixen la resposta immunològica (la que lluita contra els agents invasius) mantenint els limfòcits T dins els ganglis linfàtics. Tenint els nostres guardians sense patrullar per la sang, el sistema immunològic no té tanta força, el que resulta d'utilitat, per exemple, durant els transplantamente. Sorprenentment, baixes dosis d'un d'aquests fàrmacs són capaces d'eliminar una infeccio viral crònica. Per què? Ja tenim nous interrogants per respondre (per si no en teníem suficients!)
  • L'incest sembla un dels tabús més extesos... a les societats humanes i s'ha proposat com un mecanisme per tal d'evitar l'endogamia. L'endogamia fa augmentar la prevalència de malalties genètiques, ja que augmenta la probabilitat d'heretar dues còpies (al·lels) d'un gen alterat que pot produir una determinada malaltia. En una notícia de Nature s'utilitzen fills de cosins per tal d'estudiar l'heretabilitat de l'autisme en la que, cada cop més, sembla existir un fort component genètic (amb més d'un gen implicat).
  • Una altra de les notícias se centra en l'estudi del comportament neuronal en aquell moment de penombra entre el somni i el despertar. Sembla ser que quan el cervell dorm... ,
    les neurones "es coordinen". El despertar porta la independència de les neurones. Bona analogia, veritat?
  • Polaritat cel·lular. Determinades cèl·lules preseten "polaritat"..., tenen extrems diferenciats. Saben què és "adalt" i què "abaix" i formen estructures diferenciades a cadascun dels seus "pols" (per exemple, les cèl·lules de l'intestí tenen un pol determinat mirant cap a l'intestí i l'altre mirant cap a la sang). Com s'aconsegueix aquesta polaritat? LEs cèl·lules són gotes de grix plenes a rebentar de proteïnes que venen i van interactuant unes amb altres. Aquesta miríada d'"intèrprets" fan que qualsevol "obra cel·lular" sigui difícilment predible... o no?. De l'estudi publicat a Nature sembla deduïr-se que, tot i que són moltes les proteïnes implicades en la polarització, són molt poques les que "inicien" aquesta polarització mitjançant mecanismes de retroalimentació positiva, que amplifiquen enormement qualsevol senyal (una molècula activa a moltes que activen encara a més molècules que activen a...)
  • Mosques amb grip . Els virus són els paràsits suprems. S'introdueixen en cèl·lules a les que roben els seus enzims per poder replicar-se. Conèixer quins enzims usen és crucial per poder dissenyar teràpies antivirals eficients. En aquest estudi van modificar el virus per que pogués entrar dins les mosques Drosophila. Pobres mosques. A través d'una "llibreria" de RNAi (els RNAs que permeten silenciar gens, recordeu?) els científics han pogut infectar mosques a les que se'ls hi havia "apagat" un gen determinat (i així fins a 13.071 gens!). Cent tipus de mosques es van mostrar resistents a la grip. Cadascun d'aquests grups portava silenciat un gen concret. Així s'ha pogut deduir quins gens són els necessaris per a la replicació del virus de la grip. Interessantíssim.
  • Fa temps parlàvem dels ribozims, RNAs que poden fer coses....
    Fins el seu descobriment a la dècada dels 80 del segle passat, es creia que les proteïnes eren les úniques molècules "que feien". En aquest article de Nature es demostra l'existència d'un d'aquests ribozims a la part terminal dels RNAs missatgers (els que surten del nucli per a ser traduïts a proteïnes)dels gens Clec2 dels ratolins. És a dir, els mamífers també tenim ribozims


Llegir l'article sencer

10/8/08

Les ulleres, el fosc objecte de desig.


Aquest blog va nèixer amb la voluntat de transmetre els resultats d'articles científics d'actualitat a persones sense una formació específica en Ciències Naturals. En un principi, recorríem a les revistes que ens eren familiar, i al PubMed. A l'abandonar les nostres respectives carreres científiques de laboratori - perdent, per tant, l'accés de la Universitat - vam començar a visitar revistes que ens oferien accés lliure als seus continguts. Després, quan les nostres càrregues laborals es van anar fent més feixugues, ens vam relaxar i vam anar abandonant l'actualitat, coincidint amb la creació d'alguna sèrie divulgativa. Serveixi aquesta entrada com a disculpa per l'abandonament del que va ser el nostre leit-motiv fundacional.

El cansanci ha començat a ser evident. Ara tenim més ulleres que abans. I precisament d'això volia parlar-vos avui. De les ulleres.

Tots coneixem què són les ulleres però, a dia d'avui, no es té molt clar el seu origen, la seva evolució i, en alguns casos, la prevenció. No està clar ni el seu nom científic (i menys en anglés). Cercant en PubMed he trobat referències als dark circles of the lower eyelid. Com ja vaig fer fa molt de temps (a l'entrada sobre el bàsquet), repassaré els darrers articles que s'han publicat al respecte.

És de mala educació preguntar l'edat
El gener d'aquest any es va pulbicar a J Eur Acad Dermatol Venereol un article sobre els factors que influeixen sobre la determinació de l'edat de les dones caucàsiques. Els científics sempre amb els seus estudis estadístics. En aquest cas es van realitzar fotografies frontals a 173 dones caucàsiques i es van avaluar diversos trets facials amb diferents escales. Per exemple, es van classificar les seves ulleres depenent del seu color; les comisures dels llavis depenent de la presència d'arrugues més o menys evidents; o el color de la pell segons la seva uniformitat. I així amb una multitud de trets facials.
Les fotografies es van ensenyar a 48 avaluadors (20 homes i 28 dones d'entre 22 i 64 anys) que havien de determinar l'edat de les dones fotografiades. Estadísticament es va comprovar quins factors feien que l'edat aparent fos major o menor, però també quin grup d'observador encertava millor l'edat real.
Respecte el primer resultat, els factors més determinants sobre l'edat aparent eren el contorn dels ulls (incloent les ulleres) i la uniformitat del color de la pell facial. Respecte al segon, les dones van resultar ser molt més precises en la determinació de l'edat (cosa que no sorprendà a cap persona), i en ambdós sexes, els joves encertaven millor que les persones més grans.

Foto de Brian Boulos, a Flickr y Wikimedia Commons

Deixant de mesurar a "ojímetre"
Al maig va aparèixer un estudi en el que es pretenia obtenir un mètode d'estudi i medició de les ulleres amb la intenció de posar llum sobre el seu origen. Amb aquesta finalitat es van mesurar, per anàlisi d'imatge, l'índex d'eritema, l'índex de melanina i l'índex d'oxigenació, així com, per imatges per ecografies d'ultrasons, la densitat de la pell i el seu gruix. Quines variables es trobarien més alterades entre els dos grups?
Aquest estudi conclou que els ullerosos presenten un major índex d'eritema i melanina i un menor gruix dèrmic. No tan sols presenten una major inflamació i pigmentació de la pell, sinó que aquestes són més evidents al tenir una capa de pell més fina.

Tractament: cogombre, next generation

Enrera queda el temps en que un podia despertar-se al costat d'una amanida amb nas. Els científics semblen disposats a buscar quin còctel de molècules dóna un millor resultat. Dels articles més actuals en destacaré un parell:

Al primer s'utilitza una crema amb factors de creixement humans, citoquines (no sé exactament quines) i altres compostos. Sense entrar en l'adequació de l'ús de substàncies que es troben en l'entorn molecular de determinats càncers (no es tracta de ser alarmistes, l'important és semblar joves per sempre, Alphaville rules!),
l'article se centra en els beneficis d'aquest tractament sobre una mostra de 37 dones entre 35 i 67 anys (no sembla que hi hagi un grup control). Els resultats clínics van determinar (m'agradaria saber com) un 14-28% de millora (respecte de què? suposo que de l'estat inicial). Aquests evidents resultats (noti's la ironia) es van "confirmar" (ironia in crescendo) per un qüestionari proporcionat a les subjectes (aprecia el gest, senyora ministra?) d'estudi. Aquestes van assegurar millorar el seu aspecte en un 32%. Va home, a mí em pregunten quin tant percent de cansat em veig respecte ahir i no sé quin número posar-me.
I tot això sense comptar amb l'efecte placebo. Un es pot veure millor si sap que està aplicant-se la crema, encara que aquesta no tingui cap efecte. Per això són necessaris els grups control, als que se'ls hi podria haver administrat una crema idèntica però sense els agents mutagèn..., perdó, estètics. Si aquests també milloraven "un 30%", les molècules poc tindrien a veure. Al final del resum de l'article assegura, suposo que amb una finalitat del tot menys lucrativa, que un 78% seguiria aplicant-se la crema. No sé si a la pregunta inclouria el corol·lari "pagant".

Al segon article, encara millor, s'utilitza una barreja de fitonadionan, retinol i vitamines C i E sobre l'hemostàsia (extravasació, sortida de líquid i cèl·lules dels vasos sanguinis), pigmentació i presència de pigues en 57 japonesos adults (no especifiquen el gènere). De nou, no sembla que utilitzar un grup control sigui important en aquest tipus d'estudis. L'hemostàsia es va veure reduïda (no precisen en quin grau) en gairebé la meitat dels subjectes (47%), mentres que "la presència de pigues també va disminuir en alguns pacients" (sic). Això és serietat. La pigmentació no es veia afectada.

Treieu vosaltres mateixos les conclusions i, si podeu, mireu, si el trobeu, quin estudi recolza l'eficàcia de les cremes que adornen la vostra estanteria o el calaix del lavabo. Descobrireu tot un món de xifres amb dues rodonetes separades per una diagonal. El fi art de l'estadística.


Llegir l'article sencer

9/8/08

El Cell de la setmana

I aquesta setmana a la revista Cell podem trobar, entre d’altres, els següents continguts:


  • Es descriu el paper de la homeoproteina Otx2 a l’establiment dels circuits neuronals del còrtex visual.
  • Es podria millorar l’adaptació a l’entrenament físic sense haver de moure’s, només prenent medicaments que activin la via de AMPK-PPARd.
  • Una revisió sobre TGF-beta i la seva importància al desenvolupament dels linfòcits T.
  • A més dels Podcasts, Cell ha introduit un nou apartat a la seva revista on-line, els Paper Clips, petites converses de 5 minuts de durada entre l’editora de la revista i l’autor d’uns dels articles. Aquesta setmana entrevisten el Dr. Svante Paabo que ha completat la seqüència del genoma mitocondrial de un Neanderthal.


Llegir l'article sencer