Mirar a ADSADN Mirar a Google

30/11/08

De l'origen dels pèls ¡Eso pareces tú! ¡Un reptil peludo!

En el darrer número del PNAS ha aparegut aquest article relacionat amb l'"origen" dels pèls dels mamífers.

Els mamífers són, actualment, els únics animals amb pèl. Els pèls representen una escel·lent eina adaptativa (tot i que la gent ara lluite per treure-se'ls). La "pelambrera" actua com a aïllant tèrmic, dificultant o ralentitzant l'intercanvi de calor amb el medi. Ens manté escalfats quan fa fred.

D'on vé aquest pèl? Si tots els mamífers en tenen, l'avantpasst comú d'aquests també hauria de tenir-lo... i aquest avantpassat va ser un rèptil. Fa uns 275 milions d'anys es va diferenciar un grup de rèptils, anomenats Teràpsids. Aquests es van adaptar a molts ambients diferents en el que es coneix com a radiació evolutiva. Moltes espècies de teràpsids van començar a crèixer i multiplicar-se, constituint-se en l'ordre predominant durant uns quants milions d'anys, fins a finals del pèrmic, ara fa 250 milions d'anys.

En aquest moment va tenir lloc la gran extinció del pèrmico-triàssic. Tot i que no és la més famosa (no la confongueu pas amb la dels dinosaures), aquesta és, sens dubte, la major extinció que ha sofert la vida del planeta Terra. Més del 90% de les espècies marines i un 70% de les terrestres van ser esborrades del mapa. Va començar un nou ordre en el que van ser uns nou rèptils els que s'adaptarien a la immensa majoria de nínxols ecològics. Parlem dels dinosaures.

Els teràpsids no es van extingir del tot, tot i que ja no tornarien a tenir el pes en quant a nombre d'espècies i a l'extensió que havien arribat a tenir. Relegats a uns nínxols concrets van anar succeint-se les adaptacions, i, per tant, les espècies, gèneres, famílies i ordres. D'entre els teràpsids supervivents cal destacar l'ordre dels Eutheriodonta, en el que trobem el subordre dels Cynodontia. Els cinodonts són els avantpassats directes dels mamífers i es sospita que ja eren peluts i de sang calenta. Així que el pèl va sorgir en algun moment de la història evolutiva dels teràpsids, abans (poc o molt) del s cinodonts.

Actualment no resta cap supervivent dels rèptils cinodonts (exceptuant-nos a nosaltres, els mamífers, és clar). Com podem mirar, aleshores, d'on vénen els pèls? Doncs mirant el DNA. El DNA de cada espècie és com una llengua de les que es parla actualment. L'etimologia compara com són les paraules, com es conjuguen els verbs, com es construeixen les frases, i va "reculant" enrera veient que algunes llengües actuals comparteixen una llengua comú més recent que d'altres. El català i l'italià comparteixen el llatí; aquests comparteixen amb l'anglès l'arrel indo-europea; etc (referent a aquest tema, us recomano el llibre Unfolding the Language, de Guy Deutscher, un excel·lent llibre del que, segur, us parlaré quan me l'acabi).

Amb el DNA es pot fer el mateix: comparar com sonen les paraules (comparant lletra a lletra les seqüències dels gens), com es "conjuguen" aquests gens (comparant la seva estructura d'introns i exons), com es construeixen les frases (comparant les seqüències reguladores, promotors o els conjunts d'aquests gens), per tal d'extrapolar la història evolutiva de les espècies que "parlen" cada DNA.

I això és el que han fet els investigadors austríac-italians, encapçalats per Erwin Tschachler (el darrer signant, el primer és Leopold Eckhart, algun dia haurem d'explicar com funcionen els articles científics), comparar les seqüències de diferents espècies vives per veure quines similituds i diferències presenten a nivell dels "pèls".

Els pèls estan majoritàriament formats per les proteïnes alfa-queratina. Al ser proteïnes, estan codificades per gens, paraules, frases comparables del DNA. Però per poder compara questes frases en diferents organismes, la primera cosa que hem de saber és si aquests tenen gens similars. Queda clar que tot els mamífers tenim aquests gens... com no podem fer anàlisis genètiques a teràpsids extingits, haurem d'estirar el cabdell filogenètic a la cerca dels nostres "cosins" evolutius més propers.


Els teràpsids, els nostres retataraterapsidavis, es troben dins la classe dels Synapsida. Aquesta classe té una classe "germana" que és la dels Sauropsida. Dins aquesta classe hi trobem a tots els rèptils vius actuals... i a les aus (recordeu que les aus provenen evolutivament d'una part dels dinosaures). Els autors, per tant, comencen la seva particular cerca de gens en els genomes d'un rèptil (l'anolis verd, Anolis carolinensis) i del pollastre (Gallus gallus). ¿Per què aquests dos precisament? Perquè són dos dels organismes que tenen seqüenciat tot el seu genoma. (disponibles per a tot el món a la pàgina del PubMed, aquí). De fet, gràcies a que aquests genomes (junt amb els de molts altres organismes) són de domini públic, la primera part de l'article (cercar els gens de les alfa-queratines i comparar-les) les podria haver fet qualsevol de nosaltres. Però, és clar, primer se'ns hauria d'haver acudit...

Les seves cerces els van portr a trobar-se sis gens codificants per a alfa-queratines a l'anolis, i tn sols una en el pollastre. Aquests gens, a més a més, es troben emparentats amb els gens de les alfa-queratines dels mamífers. Si tant els Synapsida (mamífers), com els Sauripsida (rèptils actuals i aus) presenten aquests gens als seus DNA, significa que estos genes ja es trobaven en un avantpassat comú. En quin? Si estirem un pèl més del fil evolutiu la següent classe "germana" seria la dels amibis... I, segons els autors, aquests no tenen gens de l'alfa-queratina. El següent pas enrera, els peixos, tampoc no la tenen.

Totes aquestes dades dibuixen un nou escenari per a l'aparició dels gens que formen els nostres pèls. Els gens de l'alfa-queratina no són exclusius dels mamífers. Van aparèixer en algun moment molt primerenc de la història evolutiva dels rèptils, i estaria present en tots els teràpsids. En el camí evolutiu cap a les aus, es van anar perdent alguns d'aquests gens.

A partir d'aquí l'article es complementa amb un estudi de l'expressió d'aquests gens en diferents teixits (on i quan s'expressen), mitjançant estudis d'RT-PCR i immunolocalització. D'acrod, per fer això sí es necessita un laboratori, però per a la primera part de l'article, n'hi ha prou amb un ordinador. Tinc la sensació que molts cops es demanen aquests darrers resulats de "laboratori" per tal d'evitar que qualsevol pugui publicar, perquè és aquesta la conclusió que ens ha de quedar d'aquest article: per un pèl no hem publicat qualsevol de nosaltres un article similar... tan sols ens cal trobar un gen interessant i realitzar una cerca d'aquest en altres organismes mitjançant les eines gratuïtes del PubMed.

La meva imaginació comença a volar i veig un futur en el que hi haurà una "revista" especialitzada en les cerques i comparacions de gens en la que tot el món podrà publicar... potser més que una revista seria un blog obert (com el cedazo), amb un tutorial de com realitzar les cerques i comparatives. Hi ha tants gens i genomes... Yes we can!

Qui proposa la primera cerca de l'era democratagenòmica?

Per a més informació sobre la història evolutiva dels mamífers us recomano aquest article de Murphy, WJ, et al. Genome Res. 2007. 17: 413-421


Images:
1. Theriognathus by DiBgd. Wikimedia commons.
2. Styracocephalus, by Karkemish. Wikimedia commons
3. Thrinaxodon fossil, by Esv. Wikimedia commons
4. The story of the word mother, by Hendrik Willem van Loon. Wikimedia commons
5. Cutrearbrefilogenètic. Producció pròpia.


Llegir l'article sencer

28/11/08

Lab Basics (8): Talla-i-enganxa: dissenya el teu propi clon

A les persones fàcilment impresionables, tendents a simplificar la complexitat dels organismes vius amb un "això ha de ser cosa d'un déu que ho dissenya i ho organitza tot", els ha de resultar intrigant que els científics moleculars anem tot l'estona parlant dels àcids nucleics i les proteïnes com si fossin boles de plastil·lina, o blocs de Lego, fàcils de manipular al nostre antull. Però no s'ha d'oblidar que són molècules i que els humans ens limitem a utilitzar propietats químiques i lleis físiques que ens hem trobat donades: és ciència i no màgia que els enllaços atòmics puguin trencar-se en certes condicions i formar-se en unes altres. Ens limitem a aprofitar-nos d'això.

En 1975, Nathans i Smith van descobrir que els bacteris produïen uns enzims molt curiosos per a protegir-se de l'ADN forani (viral) susceptible d'atacar el seu material genètic: les endonucleases o enzims de restricció. Aquestes proteïnes actuen com autèntiques "tisores moleculars", capaces de tallar l'esquelet fosfat de la doble cadena d'ADN sense danyar les bases nitrogenades. Premi Nobel al cant: la enginyeria genètica estava en marxa, més coneguda com "això ho trec d'aquí per a posar-lo allà perquè m'interessa més", o, per als respectuosos de les jerarquies divines, jugar a ser Déu.

Els enzims de restricció són proteïnes que poden ser purificades de cultius a nivell industrial dels bacteris que les produïxen, i que donen nom a l'enzim en qüestió: EcoRI (I. coli cepa RI) per posar un exemple arquetípic. N'hi ha centenars d'elles comercialitzades amb preus variables (de 20 euros a 200 en funció de la raresa i concentració). L'ADN bacterià està protegit dels seus propis enzims per presentar grups metil (-CH3). Els diferents enzims de restricció no tallen l'ADN a l'atzar, sinó perquè s'uneixen a ell després de reconèixer una seqüència concreta (diana de restricció). En cas contrari no tallen gens. Les dianes solen ser seqüències cortetes i els trossos d'ADN resultants poden tenir extrems roms o amb fragments de seqüències protuberants. Un extrem protuberant d'una cadena d'ADN "A" pot unir-se a un extrem protuberant amb seqüència complementària de la cadena d'ADN "B", que és la gràcia del tema.



Els enzims requereixen per a actuar unes condicions especials, per tant el procés de digestió que té lloc en el tub ha de donar-se posant en contacte el ADN que es desitja tallar amb els enzims d'interès, un tampó amb ions apropiats i la temperatura idònia per l'enzim (habitualment, 37ºC), i deixar que les tisores tallin durant una o més hores.
Un batalló d'altres proteïnes col·laboren en els processos d'enginyeria genètica: lligases (la cola necessària perquè els fragments d'ADN tallats puguin tornar-se a unir), polimerases especials que tallen extrems protuberants i els tornen roms, altres proteïnes que impedeixin que un fragment digerit torni a unir-se sol...Un maletí de manualitats posat al servei del teu propi disseny de material genètic.

Podeu entretenir-vos comprovant que qualsevol seqüència és susceptible de contenir dianes de restricció inventant-vos una seqüència en un buscador de dianes aquí.

Del que hem après en les entrades anteriors de la sèrie podem deduir quins són els procediments habituals: es purifiquen els ADN d'interès, s'amplifica la regió concreta que desitgem tallar i pegar; els fragments d'ADN digerits poden diferenciar-se per electroforesis; podem purificar aquest ADN i disposar de la seva seqüència per a buscar les dianes de restricció que contingui i triar els enzims de restricció adients. Tallem els fragments desitjats i els podem unir entre sí, unint molècules d'ADN de diferent procedència. Engantxem els fragments i aquest ADN es pot introduir en una cèl·lula perquè es repliqui normalment (bacteriana o eucariota depenent de les modificacions que després vulguem que tingui la proteïna).

El més habitual és que les víctimes de tots aquests processos siguin els propis bacteris. A un bacteri al qual se li ha introduït un fragment de material genètic procedent d'altre organisme se li diu "clon" (a distingir del que la majoria de la gent entén per "clonació"). A nivell comercial disposem de cromosomes bacterians circulars modificats (vectors) que contenen una regió rica en dianes de restricció perquè sigui fàcil tallar i pegar el nostre gen d'interès, amb regions que permetin que aquest gen s'expressi en bacteris o cèl·lules eucariotes, i altre gen que produïxi una proteïna amb propietats antibiòtiques de manera que puguem matar els bacteris que no han introduït aquest vector clonat i ens quedem només amb els amables bacteris que contenen el nostre vector i resisteixen a l'antibiòtic, a part de contenir el nostre gen i/o produir la nostra proteïna d'interès.



També podem tallar i pegar el nostre gen al gen que codifiqui una proteïna fluorescent de manera que quan es fabriqui la nostra proteïna, porti penjant un fanal lluminós que ens indiqui on està (això ho veurem en una entrada posterior).
La llista d'aplicacions industrials, farmacèutiques i científiques és enorme: produccion d'anticossos, proteïnes d'interès humà (producció d'insulina per a diabètics, per exemple), generació de vacunes (com la de l'hepatitis), modificació genètica de plantes i animals (és la base dels transgènics!!), teràpia génica, i aplicacions en medicina forense.

No obstant això, la producció industrial per bacteris modificats genèticament de molècules per a consum humà té molt mala premsa arrel del tràgic cas Showa Denko, en el qual a les acaballes dels 80 van morir 38 persones i més de 1500 van quedar seriosament afectades per consum d'un suplement dietètic (L-triptòfan) produït per bacteris modificats al que no se li van realitzar els deguts controls sanitaris; els grups contraris a la comercialització d'aliments transgènics ho tenen com exemple preferit i més letal dels perills de la manipulació genètica. Vaja, és que no n'hi ha gaires més que hagin estat letals...I no, la malaltia de les vaques boges no és un exemple d'efectes nocius derivats de la manipulació genètica, perquè és una malaltia infecciosa, produïda per prions.


Llegir l'article sencer

A l'(ADS)L: Entrades interess(ADN)ts, 29-11-08

  • Educación y ciencia, a Evolucionarios. Absolutament genial. Imprescindible. Un bon anàlisi de la situació de les carreres científiques a Espanya. Els perquès. Els quèfer... Paga molt la pena.

També us recomanem...


Llegir l'article sencer

25/11/08

Ciència a Second Life

Fa poc, un molt bon amic -saluda, David- em va enviar aquesta notícia de Javier Martín de El País, en la què es parla sobre la utilització dels videojocs- i la informàtica en general- a l'educació. El tema ja seria interessant per sí mateix, però ho és encara més si tenim en compte que alguns de nosaltres ens dediquem a realizar llibres de text completament digitals per a la secundària...

Deformacions laborals a banda, a l'article es parlava de l'utilització d'alguns "jocs" en determinades investigacions científiques. I posaven d'exemple Second Life... Ah sí? Hi ha articles d'investigació en els que s'utilitzi aquest joc de realitat virtual? Mmmmmm. Sentia que havia d'acudir al meu estimat cercador d'articles biomèdics Pubmed. I vet-ho aquí què hi vaig trobar...

Bàsicament, els articles en els que apareixia "Second life" podrien agrupar-se en:

  1. Second life com a eina educativa. En aquest apartat hi trobaríem articles sobre l'educació sanitària a Second life, Second life com a plataforma educativa per a metges, com a eina educativa en la percepció de les malalties mentals, o com a simulador de com actuar davant d'atacs de bioterrorisme.

  2. Aplicacions d'aquest programa com a plataforma on realitzar trobades, simposis o sessions de pòsters entre científics. És clar que així s'acabarien els viatges becats i oh no! les Accompanying person... Noooo!

  3. Aplicacions de Second life en investigacions reals, com s'afirma en aquest article: Potencialitat en investigació dels mons virtuals; i com es demostra en aquests dos: Second life en la psicologia clínica i Second Life, el paradís dels autistes?. Tot i que, sens dubte, el meu favorit seria aquest: En els monsvirtuals es mantenen les mateixes normes socials no verbals que en el món real... article en el que es mesura quant de temps s'aguanten la mirada (sic) les parelles noi-noi, noi-noia, hoi-poi (perdó) o noia-noia, arribant a la conclusió de que és el mateix que el real. Interessant? Aplicable? No ho sé, però ja tenen un article publicat... currículum!

Entrades relacionades: Viciats però normals, quin descans d'Abulafia


Llegir l'article sencer

Prescribe Ciencia 2008: Educació i divulgació per internet

Aquest dijous 27 de novembre, a les 19:00, a la seu del Instituto Cervantes de Madrid (c/ Barquillo, 4), tindrà lloc la trobada que tractarà sobre La Ciència a Internet (podeu consultar el calendari complet aquí).

Assabentats mitjançant l'ACCC


Llegir l'article sencer

23/11/08

Gusiluz, el mol·lusc fotosintètic i la transferència horitzontal de gens

Un dels temes més utilitzats en els arguments de les novel·les, còmics, videojocs o pel·lícules és el de l'equip d'especialistes. Des d'El senyor dels anells, les cròniques de la Dragonlance o la sèrie de Comandos, fins als còmics de El Jabato o El Capitán Trueno (o eren la mateixa persona?), s'han constituit equips, grups, o com se'ls hagi volgut anomenar, de personatges que, junts, generen un "ens" molt superior a la suma de les seves habilitats. Nans, elfs, humans i hòbbits; arquers, guerrers, mags i sanadors; franctiradors, espies, cepadors...

Sqguint aques "fil argumental" en aquesta entrada viatjarem des de la màxima de "la unió fa la força" fins a un mol·lusc fotosintètic, el nostre particular gusiluz.

A biologia la dita de "1+1 sumen més que dos" s'ha seguit en molts ocasions. Els líquens són associacions d'algues i fongs que produeixen una cosa nova. Les societats d'insectes, amb les seves especialitzacions, constitueixen veritables supra-organismes. Els mateixos organismes pluricel·lulars som societats de milions de cèl·lules especialitzades.

Les pròpies cèl·lules eucariotes són associacions de diferents bacteris (és la famosa teoria endosimbiòtica). ¿Com es va produir aquesta associació? ¿Com bacteris tan diferents (la proto-cèl·lula nucleada i els precursors de les mitocòndries i cloroplasts) van acabar juntes? Una de les teories és la de la "mala digestió" en la que ens trobaríem un bacteri gran que es "tragaria" a d'altres bacteris sense digerir-los del tot. Aquesta associació s'adaptaria millor al medi que els hi hauria tocat viure i va ser seleccionada positivament donant lloc a les cèl·lules eucariotes actuals.

Al darrer número del PNAS (Proceedings of the National Academy of Science) es publica un article (signat en primer lloc per Mary Rumpho, i editat per Lynn Margulis) centrat en l'estudi del mol·lusc fotosintètic Elysia chlorotica, un llimac marí de color esmeralda.


Cèl·lules vegetals amb els seus cloroplasts visibles. Image: Rasbak. Wikimedia commons


Els animals, fongs, algues eucariotes i vegetals són tots organismes eucariotes perquè es troben formats per cèl·lules eucariotes. Totes les cèl·lules d'aquests supergrups tenen nucli i mitocondris; les cèl·lules de les algues eucariotes i els vegetals són les úniques que tenen cloroplasts. Els cloroplasts són els orgànuls que realitzen la fotosíntesi transformant el diòxid de carboni i l'aigua en glucosa (el combustible dels éssers vius) gràcies a l'energia que li aporta la llum solar. Els cloroplasts, plens, entre d'altres, de clorofil·la, són els que li donen el color verd a les plantes... i al llimac marí Elysia chlorotica (que no seria el mateix que dir el llimac de l'El·lisi, no ens confonguem. Quelqu'un m'a dit).

Però redrecem-nos... no deiem que els cloroplasts eren exclusius d'algues eucariotes i vegetals? I és així. Aquesta espècie de llimac a co-evolucionat amb una espècie d'alga podent "adoptar" els seus cloroplasts per al seu ús i explotació.

Quan un nou llimac neix, ho fa sense cloroplasts... al llarg de la seva vida els ha d'anar adquirint. D'on? Entre els àpats preferits del gusiluz es troba l'alga eucariota Vaucheria litorea. Quan un gusiluz es menja aquestes algues no digereix tots els seus cloroplasts. Alguns s'incorporen a les cèl·lules del sistema digestiu. I allà segueixen la seva tasca fotosintètica, produint glucosa per al llimac.

És així de senzill? En un principi ho podria semblar. Aquesta alga té alguna cosa que li produeix glucosa. Me la menjo, li trec i me'l quedo Per què no fem nosaltres el mateix? Evidentment, la cosa no és així de banal.

Durant els centenars de milions d'anys que portyen co-evolucionant els orgànuls de les cèl·lules eucariotes s'han establert relacions que asseguren el seu funcionament en conjunt, però que fan que els components d'aquestes cèl·lules, tot i que abans eren bacteris de vida lliure, ara no puguin sobreviure per separat. Un mitocondri ja no pot sobreviure sense la cèl·lula eucariota ja que alguns dels gens que codifiquen per a proteïnes del mitocondri es troben ara al nucli. Sense el nucli, els mitocondris no estan completes. I el mateix passa amb els cloroplasts. Els cloroplasts dels vegetals i les algues eucariotes, inclosos els de la Vaucheria litorea, són incapaços de sobreviure i funcionar correctament sense les proteïnes codificades per gens que es troben al nucli de les algues (com la proteïna psbO) .

I aquí es troba la novetat del treball que avui comentem. Els cloroplasta de la Vaucheria sobreviuen i funcionen dins les cèl·lules del llimac Elysia tot i que no tinguin a mà el nucli de la seva alga. Si necessiten les proteïnes codificades per l'ADN de l'alga... com funciona dins els llimacs? Perquè el nucli de la babos també codifica per a aquestes proteïnes (si més no, per a la psbO). És a dir, al DNA de tots els llimacs de l'espècie E. chlorotica ens trobem gens originaris d'algues (com es demostra al comparar la seqüència dels gens de les dues espècies).

És evident que els llimacs i les algues han seguit camins evolutius molt i molt diferents des de que es van separar del seu ancestre comú, i que els gens que les algues van adquirir durant els seus centenars de milions d'anys de convivència amb els cloroplasts són totalment aliens als animals, grup al que pertanyen els llimcas. Com han pogut, doncs, adquirir aquest gen les baboses? Mitjançant el que es coneix com Transferència Horitzontal de Gens.

La tranferència vertical és la que es dóna de pares a fills i segueix la línia de la història evolutiva de cadascuna de les espècies. La horitzaontal es dóna entre diferents espècies. Aquesta transferència es dóna principalment entre organismes procariotes (les resistències de determinats bacteris a antibiòtics segueixen en ocasions aquesta via); és rar entre procariotes i eucariotes (com la que es dóna entre el procariota endosimbiont Wolbachia i les cèl·lules dels seus hostes insectes i nemàtodes); i és pràcticament inexistent entre organismes eucariotes (fins el moment s'han descrit com a anecdòtiques, transferències entre plantes paràsites i les plantes parasitades, tranferències de transposons, o transferències entre les plantes i nemàtodes parasitaris). La probabilitat de que es doni aquesta tranferència entre cèl·lules nucleades és tan baixa que segurament és necessària una relació de milions d'anyes entre les espècies per a que s'estabilitzi, com en el cas del nostre gusiluz i el seu àpat.

Resten, com sempre, molts interrogants per resoldre. Entre ells, com es va produir la integració del gen al genoma? Recombinació? Virus? Retrovirus? Quan fa d'aquesta integració? Quins altres gens s'hi han integrat? Podria ser una relació que anés a més, és a dir, que en algun punt els nous llimacs al nèixer ja presentessin cloroplasts? Parlaríem aleshores d'una nova espècie? Una nova família? Ordre?

Si pensem ara en la quantitat d'espècies que existeixen, en les relacions que s'hi estableixen, i en la millora dels mecanismes per seqüenciar genomes (nuclears, mitocondrials o de cloroplasts)... quantas relacions noves queden per descubrir!

Imatge inicial: Atlas Zoologique du Voyage de la corvette La Bonite Bibliothèque patrimoniale de Gray, Wikimedia commons.


Llegir l'article sencer

ADSADN a la ràdio

Aquest dimarts l'ADSADN va a la ràdio. Concretament al programa Calaix d'Arquimedes (del qual us recomanem el seu blog) de Ràdio Mataró. De 5 a 6 de la tarda.

Ja veurem com ens en sortim.


Llegir l'article sencer

21/11/08

A l'(ADS)L: Entrades interess(ADN)ts, 21-11-08

Aquesta setmana hem llegit i us recomanem:

  • Tres entradas es fan ressò de la iniciativa del Consorci Internacional del Genoma del Càncer de seqüenciar el genoma de cèl·lules cancerígenes de pacients afectats per diferents tipus de tumors. A Barcelona es seqüenciaran els genomes de la Leucèmia limfàtica crònica. Les tres entrades són: El genoma del cáncer, de José Antonio Garrido; Tras las huellas del cáncer, de Tall&Cute; y La conferència de Cristina Garmendia al Cercle d'Economia, d'Enric I. Canela.

  • Genes terminator, a GOLEM blog. Certes companyies de biotecnologia que desenvolupen plantes transgèniques controlen la fertilitat d'aquestes mitjançant una cadena de gens que podreu trobar explicada en aquesta entrada.

  • Altres entrades recomanades...

  • Ajuda per superar el complexe del genoma petit a Abulafia. Els éssers humans tenim menys gens que molts altres organismes. Sent éssers permanentment acomplexats com som, Abulafia ens ofereix una recent sortida a aquest possible neotrauma del segle XXI a través d'una bona explicació sobre "empalmaments alternatius".
  • .
  • Un ramillete con cientos de flores, a Ciencia de bolsillo. Desfullar margarides és una bona analogia de l'amor? L'entrada no pretén explicar què és l'amor, però sí què és una margarida. Del mateix blog destacarem aquesta entrada sobre els arbres luminosos que ja vem comentar fa aproximadament un any

  • Super ratón y la molécula de la juventud, a La Huella del Tilacino. Bona entrada sobre el treball de la Dra Blasco sobre la telomerasa, el càncer i l'augment de l'esperança de vida. I és que el tema dels telòmers ja dóna, i encara donarà més, de què parlar (serveix com a mostra les nostres entrades et talles els telòmers o te'ls deixes llargs?, i Telòmers útils. Elfs inmortals, precursora de les sèries Biotolkien).De fet, ara que ho penso, els ratolins de la Dra Blasco podrien ser el primer pas cap a uns ratolins-elfs... I ja que parlem de ratolins inmortals i perfectes -wait for it- no puc deixar escapar aquesta oportunitat de recomanaros el blog d'en Salvador Macip, Inmortales y perfectos

  • Venus Express busca vida en la Tierra, a Astro-web. Per tal de saber determinar la possible presència de vida en altres planetes, primer hem de ser capaços de saber detectar que hi ha vida a la Terra. Ho som? Això és el que s'està intentant provar des de la sonda Venus Express.

  • Bioinformàtica i Playstation (En catalán), a Vallve's Blog. De com aprofitar la potència de la PS3 per a realitzar algoritmes bioinformàtics.

  • Llegir l'article sencer

    19/11/08

    Amúsia: Desordres musicals

    M'estic llegint el DEA d'un company de feina, Oriol Solé, sobre la relació del llenguatge, la música i el cervell. Un text molt interessant, la veritat, del qual tinc ganes de parlar-vos amb més calma. De moment, us deixo amb un petit tast, del que no tenia cap coneixement: les amusies.

    Els pacients que presenten amusia (un 4% de la població) són incapaços de reconèixer o reproduir bé tons, bé ritmes; d'altres poden tenir dificultats amb el llenguatge musical escrit. No m'ha deixat de resultar curiosa l'existència d'aquestes síndromes, i no tan sols per la seva "peculiaritat", sinó també pel que representen, ja que són síndromes causades per afectacions en diferents àrees cerebrals: és a dir, hi ha àrees del cervell especialitzades en cadascuna d'aquestes característiques de la música. Com el llenguatge.

    Ja coneixeu la meva petita obsesió per consultar al PubMed tot el que puc (bé siguin GFPs, ulleres, o bàsquet). En aquesta ocasió tampoc m'he pogut controlar i, com de costum, la cerca m'ha proporcionat resultats interessants:

    • El abolero. En aquest treball, el grup d'investigació croata que el signa estudia l'estat del cervell de Maurice Ravel els seus darrers cinc anys de vida, quan aquest compositor va desenvolupar afàsia (disfunció en la parla), apràxia (incapacitat de realitzar moviments voluntaris), alèxia (dificultat en la lectura), agràfia (alteracions en l'escriptura) y amúsia... arribant a la conclusió de que l'hemisferi dret del compositor va ser el que li va permetre escriure, entre d'altres, el Concert per a la Mà Esquerra (cosa que no deixa de tenir certa lògica irònica).
    • Cec y mut... però músic fins el final. Jean Langlais (1907-1991) era un organista cec al qual un infart el deixà afàsic i incapaç de llegir Braille. Però mai va perdre la seva oïda musical ni la seva capacitat de tocar melodies a l'òrgan.
    • L'espai musical. Segons aquest article les persones amúsiques presentarien, a més, alteracions en la percepció espacial. Si és que les descràcies mai vénen soles...


    Llegir l'article sencer

    18/11/08

    Premis 20blogs

    Bé, ja ha finalitzat l'edició d'enguany dels premis 20blogs.

    Abans de res, volem felicitar al guanyador de la categoria de Ciència i medi ambient: La lógica del titiritero.

    El nostre blog ha quedat a la posició 87.. amb 1 vot! Gràcies Tito! No saps què significa tenir un vot en una edició com aquesta... bé, de fet, sí ho saps! La caricatura existencialista en té 4.. felicitats!

    I de cara al any vinent, a millorar els resultats. És clar que sí!


    Llegir l'article sencer

    16/11/08

    Des de quan els humans parlem (de ciència)?

    Avui vull parlar-vos d'un llibre que tinc des de fa temps, però que d'altres lectures van anar endarrerint la seva: Hablemos de Ciencia de José Manuel Nieves. Aprofitaré, a més a més, per comentar-vos un article comentat al final del llibre sobre com estudiar si els homínids ja extingits parlaven o no.

    Però comencem pel llibre...

    El llibre: Hablemos de Ciencia
    Aquest llibre és el primer de la col·lecció de divulgació científica Conversaciones de Ciencia d'EDAF, el catàleg de la qual podeu consultar aquí.

    Al llibre de José Manuel Nieves esn trobem amb un repàs per diferent àrees de les Ciències (Univers, Estrelles, la Terra, la Matèria, la Vida i l'Home). El llibre està escrit en un estil altament accesible, profusament il·lustrat amb fotografies i gràfics; diferent del que entenem com a llibres de divulgació (si més no els no anglosaxons). A més, a més s'afegeixen explicacions d'actualitat de cadascun dels camps esmentats.

    La veritat és que amb una presentació com aquesta, estic frissant per aconseguir algun dels altres llibres de la col·lecció i veure si aconsegueixe mantenir el nivell que aquest ha marcat. Perquè si és així, pagarà la pena.

    L'article: Homo heidelbergensis, Allo? Allo?
    A l'apartat de l'Home, José Manuel Nieves ens situa en el punt en què es troba un dels debats més candents de l'evolució humana... quan van començar els humans a parlar? És una característica exclusiva dels H. sapiens? Si no és així, quines altres espècies d'Homo la presentaven?

    La qüestió no és simple, ja que els indicadors d'un llenguatge articulat no fossilitzen amb facilitat. S'ha intentat abordar l'estudi d'aquesta qüestió des d'estimacions de la mida de les zones del cervell responsables de la interpretació del llenguatge, passant per l'estimació de la posició de l'aparell fonador a la laringe... L'article del que vull parlar-vos proposava un nou enfocament a aquest problema i va aparèixer al PNAS del 20 de maig de 2004, és a dir, que ja es pot considerar tot "un clàssic", i va ser desenvolupat i signat per l'equip d'Atapuerca (I. Martínez, M. Rosa, J.-L. Arsuaga, P. Jarabo, R. Quam, C. Lorenzo, A. Gracia, J.-M. Carretero, J.-M. Bermúdez de Castro, and E. Carbonell).

    En aquest treball es va decidir no mirar a l'emisor sinó al receptor. De què serveix que hom parli si cap persona l'escolta? Els humans tenim els ossos de la nostra oïda interna "sintonitzats" per tal de captar freqüències entre els 1 i els 4 kHz, les freqüències en les que trobem la nostra parla. Els ximpanzés tenen les seves oïdes "sintonitzades" a freqüències properes o bé a 1 kHz o bé a 8 kHz. Comptant amb els resultats d'estudis de mesures físiques dels ossos d'aquestes espècies es va poder inferir a quines freqüències estaven adaptats les oïdes dels cranis dels Homo heidelbergensis trobats a la Sima de los Huesos (Atapuerca). I aquests presentaven una bona "afinació" a 2-4 kHz. Es parlaven entre ells? El que sí és segur és que podien escoltar-se si ho feien.

    Els Homo heidelbergensis es situen al camí evolutiu que porta cap als neandertals. D'aquest fet, per tant, podríem deduir un parell de cosetes interessants:

    1. Els neandertals, el seus descendents, també presentarien aquesta afinació. És a dir, els neandertals podrien parlar o no (jo crec que sí), però el que és segur és que "sentien" el que parlaven els sapiens que van arribar a Europa... entendrien el que deien? Van aprendre altres idioes? Se'm posa la pell de gallina.
    2. Si aquest homínid, allunyat del camí evolutiu que va portar fins a nosaltres, presenta aquesta "sintonització" podem inferir que aquesta característica ja es trobava a l'espècie ancestral comú a neandertals i sapiens, que podria ser l'Homo antecessor... i per què o abans, a Homo erectus?
    Particularment em fascina la idea de que durant uns milenis van conviure diferents espècies d'humans parlant-se entre ells, comunicant-se, intercanviant materials, productes, idees, temors... és una imatge massa bucòlica? Creieu que els sapiens atacarien abans de preguntar? O preguntarien abans de.... què? A qui li preguntem?

    Amb tantes oïdes, seria una llàstima que no hi hagués hagut una infinitud de paraules.


    Llegir l'article sencer

    15/11/08

    ADSADN 3.0: The times They are a'changin

    Portem més d'un any "al ciberespai"... i 250 entrades.

    Els temps han canviat, ho sento a la terra, ho ensumo a l'aire... i com a blog de biologia que som, ens hem adaptat evolucionant des de l'anterior declaració.

    Sense deixar de banda el nostre interés per la ciència que es fa dia a dia, ha anat creixen un interés per la percepció de la ciència en el dia a dia. En aquest sentit hem iniciat una nova sèrie d'entrades, les etiquetades com a "ciència als mitjans", i hem augmentat, també, els articles d'opinió.

    Nedant entre dues aigües (la producció científica i l'opinió) trobareu la secció "A l'(ADS)L", motivada per la gran quantitat de divulgació científica (de la bona) que es pot trobar al món dels blogs.

    No hem abandonat la nostra intenció original i procurarem seguir informant el millor que sapiguem, i de la manera més amena de la que siguem capaços, sobre les novetats que es publiquen a les revistes d'àmbit científic. En aquest sentit, degut a la deriva professional dels membres d'aquest blog, hem perdut accés a les revistes "de pagament", cosa que explica l'augment d'entrades que fan referència a articles "d'accés obert", i sobretot, de la revista PLoS.

    Res més. Esperem veure-us més sovint per aquí i fer justícia a les expectatives que vosaltres i nosaltres hem dipositat sobre aquesta pàgina.


    Llegir l'article sencer

    14/11/08

    A l'(ADS)L: Entrades interess(ADN)ts, 14-11-08

    Aquesta setmana hem llegit i us recomanem :

    • La importancia del Rh en las embarazadas, a Museo de la Ciencia. Per Sophie. Com sempre, el Museo de la Ciencia ens ofereix una gran explicació sobre un tema científic. És el torn de l'antígen Rh dels glòbuls vermells, i de com tenir-los o no, no tan sols és important per tal de determinar la nostra "vasconeïtat", sinó que pot influir en els embarassos de les dones Rh negatives.

    Us recomanem també...
    • Identificación personal por el olor, a Neofronteras. Entrada sobre l'"empremta personal" odorífica que fa que poguem distingir-nos per la olor, i com la dieta no influeix en aquest reconeixement.

    • Cuando dios descansó, de El erizo y el zorro. Per José Antonio Garrido. Començant per la juventud dels genis (¿se'ns ha passat ja l'arròs) fins l'origen de la vida, tema que ja sabeu com ens agrada. Si, a més, l'entrada està tan ben escrita, com no recomanar-vos-la?.

    • Bolets supervitamínics, en Nòmades. No es tracta d'una crònica d'un viatge a Amsterdam. Asimetrich ens ofereix una entrada sonre la síntesi de Vitamina D en bolets i de com es podrien utilitzar en la dieta d'aquelles persones amb carències en aquesta vitamina. Per cert, per què a Catalunya som tan boletofílics? El que en un principi podria ser un tret "cultural", és ara una moda que fa que milers de persones surtin a escombrar boscos sencers... no ens estarem passant un pèl?

    • Seguimos levantando el país, en Sonicando. Cruel entrada per a que us feu una idea de com és le món de la investigació. Ànims sonicando! Sempre hi haurà un resultat que compensarà tot aquest esforç. No puc deixar de comparar aquesta situació dels becaris d'investigació (i no tan sols els pre-doctors, els doctors també curren així) amb algunes de les nostres il·lustríssimes "señorías" del Congrés dels Diputats (per no parlar del Senat!) que són incapaces de treballar ni 18 hores... a la setmana! Si ni tan sols van al seu lloc de treball. En fi. Aguanta Sonicando! Molts hem passat per situacions similars i ens n'hem sortit.

    • Los ojos son una ventana, a Genciencia. Per Christopher Boone. Bona entrada per diferenciar el que és la "percepció" de la "visió". I ja que parlem d'ulls, us recomano el blog Ocularis, dedicat en exclusiva a ells. I és que els ulls són un tema sobre el que paga molt la pena parlar, llegir i estudiar.

    • El origen de las arrugas, a Apuntes del camino. Aquests darrers dies els mitjans de comunicació han destacat un estudi realitzat sobre una raça particularment arrugada de gossos. Com els mitjans de comunicació tenen un espai limitat per comentar aquestes notícies, acostumen a quedar-se a la superfície (arrugada) de la notícia. En aquesta entrada, no obstant, sí s'incideix en l'aspecte biològic de la investigació, duta a terme, per cert, per investigadors de la Universitat Autònoma de Barcelona.

    • ¿Se puede saber que Dios existe? La respuesta es..., a Golem blog. Per Angel. Genial. Una increïble mostra de com funciona el cervell "argumentatiu" de certes persones.

    • Genes y conducta social, a La lógica del titiritero. Per Pablo Rodríguez Palenzuela. Entrada inspirada pel número de Science dedicat a la genètica del comportament social. Nature vs. Nurture. Gens i ambient parlant-se contínuament.


    Llegir l'article sencer

    12/11/08

    Hoax científic: El dolent, el passiu i el babau-supersticiós...


    Aquest post pot ferir la sensibilitat dels meus amics, així que recomano que no se’l mirin molt a fons... De fet vull parlar de hoax científics que es distribueixen en forma de powerpoints amb estructura “pseudo-presentació mèdica”, i com que aquestes coses sempre t’arriben per contactes més o menys coneguts, doncs això, avui carrego en part contra la meva gent (confiant que, precisament, els que fan circular hoax no són els més habituats a llegir sobre ciència, per molt simplificada que estigui).

    Els hoax científics: Exemples

    Un hoax no és més que una informació falsa que es propaga en forma de rumor.
    Segur que en deveu conèixer uns quants. Vet aquí alguns exemples:

    Sostenidors i bacteris menja-carn:
    Apel•lant a la por en el cas de les dones, i a la noble solidaritat en el cas dels homes, va circular en el seu dia un cru i gràfic powerpoint de lesions de pell en la zona de les mames, tot atribuïnt-les a la suposada imprudència de “no haver rentat els sostenidors abans de posar-se’ls”. Les imatges que acompanyaven eren, de fet, greus infeccions provocades bàsicament per estreptococs del grup A, i la seva propagació és típica per ferides i contacte directe amb persones infectades, no pas per objectes íntims i, ni molt menys, tampoc per sostenidors no rentats, tal i com es desmenteix en un dels nombrosos sites dedicats a rebatre aquestes mentides.

    Tossir contra l’atac de cor:
    Aquest és el hoax inspirador d’aquest article. El vaig rebre fa uns dies, d’una persona amb antecedents personals que la fan poc susceptible a fer bromes amb els infarts de miocardi. Feu una ullada a aquest despropòsit aquí.
    Per què us feu una idea de la magnitud de la distribució d’aquest hoax, només cal que veieu com, la entitat sanitària citada a l’article, el Rochester General Hospital, va haver de sortir al pas d’aquest rumor amb un comunicat, on es deixa claríssim que, d’una banda ells mai no han publicat aquesta informació, i de l’altra, que aquesta informació no se sustentava sobre cap base científica.

    El budum
    Investigant una mica quins altres hoax científics fan o han fet mal en alguna época vaig trobar aquest interessant post publicat a “El Tamiz”. Els nostres “companys de lluita” van desmuntar fa temps aquest hoax sobre un insecte mexicà que llençava àcid per les antenes, també amanit amb esfereïdores fotos, per estovar, si calia, el nostre esperit crític. Pura i burda mentida, però en mans de gent amb poca formació, una "bomba de por".

    Els hoax científics: Distribució i distribuïdors

    Els hoax científics arriben generalment per e-mail. Com que es tracta d’una forma de comunicació de base interpersonal i privada, és perfecte per transmetre qualsevol imbecilitat sense que s’hagi de sotmetre a cap criteri de refutabilitat. A més, l’avantatge dels hoax és que, fins i tot l’internauta més novell té una adreça de correu, fins i tot quan encara no ha après a navegar seleccionant les seves fonts. La majoria sabeu que, per a qualsevol cosa que poseu a un buscador, el resultat de dalt de tot no és necessàriament ni el que busqueu, ni el correcte, ni l’oficial...



    Però, qui distribueix aquest cúmul de despropòsits, però no obstant malintencionat? Bé, jo els classificaria en 3 grups fonamentals (amb algunes variants i subdivisions que no vindrien al cas). Tal i com indico al títol del post, jo distingiria entre el dolent, el passiu i el babau supersticiós...

    El dolent: És evident que darrera d’un powerpoint hi ha una bona estona de treball de recerca, i un plaer malsà el la generació d’una petita o gran ona de pànic. A més, també hi ha un desig de notorietat per part d’algú que no podria obtenir-la per un mitjà dels que se suposa que han de proporcionar la celebritat (per què, de cop, estic pensant en “Gran Hermano”?). De tots els personatges implicats en la difusió dels hoax (tant científics com no), aquests són els únics individus que mereixerien que els seus powerpoints fossin certs...

    El babau-supersticiós: Arriba un missatge d’aquests, i instintivament penses “vaja trola”. Però a continuació una veuta diu “bueno, tu reenvia, que tampoc fas mal a ningú”. O si no “les fotos són súper bèsties” i ho reenvies. O encara pitjor “si ho envies ha 20 persones, apareixerà una animació amb el nom de la persona que t’estima. Fa por, però és veritat”. Sí, fa por pensar-hi, però hi ha gent que hi creu, en aquestes coses... Ens agradi reconèixer-ho o no, hi ha un percentatge remarcable de la població que, davant l’amenaça “envia o moriràs de forma atroç”, opta per enviar, no fos cas que s’acabés convertint en la primera víctima d’una maledicció per powerpoint...

    El passiu: Si li preguntes si el que hi ha al powerpoint és veritat o no, dirà que tant se li en dona. Si li preguntes per què ho ha enviat, dirà que sempre reenvia totes les gracietes que rep, siguin powerpoints sobre animalons amb música de Celine Dion, siguin fotos robades de cadàvers d’accidents de trànsit. Segons aquesta regla... per què no enviar una malaltia nova i desconeguda fins ara, de la qual sentim a parlar per primer cop, no en les notícies de les 8, sinó a través de la nostra estimada amiga Puri (que deu rebre correu directe des de la OMS, la Casa Blanca, o el CDC d’Atlanta...). Però, fins i tot en el cas d'una persona que el rep i no el passa a ningú... respecte el que ens interessa, que és l'aparició i supervivència del hoax, aquesta persona també formaria part del grup de difusió passiva del hoax...

    Per tant, davant dels hoax, cadascú de nosaltres podria posicionar-se a si mateix en un gràfic triangular, segons si tira més a dolent (creació i manteniment del hoax), supersticiós-babau (difusió crèdula o induïda per “amenaces”), o simplement difusor pasiu...




    Llavors què fem?

    És obvi que la persona del tipus 1, el mala fe, és prou minoritari com per què el sol fet de no donar-li corda col•labori en la seva extinció. Pels tipus 2 i 3, potser una bona lectura serien els consells sobre How to disprove a Scientific hoax (com refutar un hoax científic), útil tant per les martingales que arriben per e-mail com per simpàtics creacionistes, o fins i tot per desmuntar-te la teva religió si algun dia et venen ganes de tractar de justificar-la de forma científica...
    Els consells es resumeixen, més o menys, en:

    1)Examina la cadena argumental i busca si hi ha alguna conclusió precipitada o no lògica.
    2)Busca fonts independents sobre el tema de què és parla (això és més difícil de fer que de dir, ja ho sé).
    3)Comprova si la hipótesi formulada és impossible de posar a prova. Si no pots fer-ho, la qüestió no és subjecte de ciència, així que la seva afirmació o negació es converteixen en qüestions de fe.
    4)Suggereix hipòtesis múltiples.
    5)La navalla d’Occam: un principi de lògica excel•lent, que diu, en línies generals, que l’explicació més senzilleta i que assumeix menys coses rares, acostuma a ser la bona. Recordeu Sherlock Holmes? Tot aplicant aquest principi és com arriba a afirmar “Posa a prova totes les teves hipòtesis, començant per la més simple. Si només te’n queda una per refutar, aquesta serà la bona”
    6)Analitza si la persona que sosté la hipótesi és particularment propensa a afirmar-la (els ufólegs tendeixen a veure ufos per tot arreu...).
    7)Compte si un argument se sustenta només en el prestigi de la seva suposada font.
    8)Desconfia de conjunts de dades seleccionades presentades juntes (avui m’ha arribat una altra imbecilitat que vincula totes les xifres dels atentats islamistes, tant americans com el de Madrid, amb la xifra 11. No té desperdici
    9)Tot fenomen observat una única vegada, té molts números de ser un hoax
    10)Fomenta el debat. S’han de considerar tots els punts de vista com a viables mentre no es provi la seva manca de validitat científica o lògica.

    Aquest senzill decàleg us posarà a l’abric de creences absurdes, però, pel que fa als hoax... Com procedir?

    En el meu cas, jo vaig començar per esborrar directament el hoax en qüestió. Després, fruit d’alguns hoax francament ben escrits (cosa que no abunda) i amb prou mala bava com per fer-me sentir llàstima d’algú poc informat que el llegís, vaig passar a escriure en format “respondre a tothom” amb una refutació (generalment un extracte o un link d’una font solvent, com en el cas del Rochester General). Actualment, després de reflexionar sobre l’efecte que podia causar sobre la imatge de l’amic que m’havia enviat el hoax el fet que refutés el seu e-mail per la via del mínim comú múltiple (amics comuns i no comuns elevats a la màxima poténcia), he decidit respondre sempre el remitent en qüestió (si el hoax conté informació per generar pànic o greu desinformació), amb aquesta informació, tot convidant-lo a ser ell qui esmeni la falta. Si tota persona que rep la refutació d’un hoax la envia enrera, tot el potencial mal causat per la desinformació quedaria revertit.

    Els hoax no són divertits. No són un element cultural, ni els hem d’acceptar com a un mal menor de la lliure circulació de la informació. Són una eina més de la cultura de la por que, si no treballem per evitar-ho, s’instal•la entre nosaltres...
    Em sembla que ha arribat el moment, en el triangle de figures proposat abans (dolent-passiu-babau), d’afegir algú que tingui el rol “bo”, de ser qui talli els hoax que si li creuen per davant, eliminant el sentit de la seva existència.

    Guerra al hoax, sobretot al que busca generar pànic...



    PS: El meu sentit homenatge al magnífic NOTICIAS DEL MUNDO: tothom sabia el que hi trobaria, i si algú s'ho creia és que era decididament GILIPOkjfdIOHDG


    Llegir l'article sencer

    11/11/08

    Control dels aliments funcionals

    Ahir es va publicar la següent notícia ([1], y [2]) a El Periódico que feia referència als aliments que pretenen passar els controls de la Unió Europea per tal de ser considerats aliments funcionals, aliments amb algún valor afegit mén enllà del nutricional. I no tots ho aconsegueixen. Molt aliments veuen com el seu "suposat benefici afegit" és refutat. això sí, seguiran valent el triple, tot i que "serveixin" pel mateix.

    Relacionada amb aquesta notícia, ens trobem amb aquesta entrada de La lucha sin fin (Gràcies, Mireia!)


    Llegir l'article sencer

    9/11/08

    Spore-peniforme: De peixos fora de l'aigua al joc d'EA

    Obrint la plana de Nature, buscant les seves "novetats", m'he topat amb un peix espinós de l'ordre dels Scorpaeniformes. L'aparició d'aquest peix a Nature es deu a uns estudis de regulació de la seva osmolaritat sanguínia en aigua dolça. I a mi què?, podeu preguntar-vos. Doncs és un estudi interessant pels conceptes a explicar, el pas evolutiu que tracta de cobrir, i perquè em permetràparlar-vos d'SporeTM.

    Cachis la mar salada
    Hi ha diferents etapes en la història evolutiva del nostre planeta que, des de sempre ens han fascinat (sobretot perquè constitueixen els pasos per a que, entre d'altres, evolucionessim nosaltres mateixos). La primera, l'aparició de la vida en sí mateixa (camp del que ja hem tingut ocasió de parlar). LA segona, l'aparició de la cèl·lula eucariota (les nostres), misteri magníficament resolt per Lynn Margulis (Per què no té ja el Nobel aquesta magnífica investigadora). La tercera, la formació d'éssers pluricel·lulars. A partir d'aquí, la colonització del medi terrestre. Precisament, la notícia de Nature ens informa sobre un estudi que podria aportar noves dades sobre aquest pas.

    La vida va sorgir al mar, i com a tal, tot el seu funcionament bioquímic estava adaptat a tenir fora de les seves membranes aigua salada. L'aigua salada és salada perquè té relativament altes concentraciones d'ions com els de sodi (Na), potassi (K) i clor (Cl). Dins les cèl·lules, no obstants, la concentració d'aquests ions és diferent. A un costat de la membrana tindrem altes concentraciones d'un ió que es trobarà a menor concentració a l'altra banda. És el que es coneix com un gradient de concentració.

    L'adaptació a aquest gradient va permetre l'aparició de mecanismes moleculars per al seu aprofitament. És gràcies a aquests gradients que obtenim energia (i fabriquem ATP), o que, per exemple, podem transmetre els nostres impulsos nerviosos.

    Però el gradient de concentració també és perillós per a les cèl·lules.

    Mitjançant el fenòmen de la òsmosi, s'intenta igualar les concentracions d'aquests ions. I això es pot aconseguir de dues formes: treient aigua del lloc on tenim mens ions a on més hi ha (amb la qual cosa s'iguala la concentració d'aquests); o, de manera més "senzilla", desplaçant ions d'on més hi ha cap a on en "falten".

    El pas de l'aigua d'una banda a l'altra és un procés passiu, succeeix espontàniament. Quan tenim cèl·lules en un medi hipotònic (amb menor concentració de sal que dins la cèl·lula) aquesta adquireix aigua; tanta, que pot arribar a explotar. Quan les tenim en un medi hipotònic, perden aigua i s'arruguen (al tenir menys aigua, pero mateixa quantitat d'ions dinss'ha augmentat la concentració). La pèrdua d'aigua també presenta un llindar a partir del qual la cèl·lula mor.

    Dins l'aigua del mar les cèl·lules es troben en un medi hipertònic i van desenvolupar durant milions d'anys mecanismes per "lluitar" contra aquest gradient, mitjançant proteïnes de bombeig, com la famosa bomba de sodi-potassi, o el cotransportador de Na-K-Cl.

    La conquesta del medi terrestre pels vertebrats va ser realitzada per primer cop pels peixos pulmonats. Es creu que aquesta adaptació va venir forçada per la necesitat de buscar basals o rius en època de dessecació (mira, com Catalunya). Sortir a l'aire durant un tros permetria cercar terrents més humits en èpoques de sequera. és de suposar, per tant, que el primer pas a terra ferma va venir precedit per un pas anterior, la col·lonització de l'aigua dolça.

    L'aigua dolça no és "dolça", és menys salada que la salada (igual que el pernil "dolç" no és dolç). De fet, és menys salada que el propi interior de les cèl·lules. Els responsables de l'estudi van voler estudiar (o això afirmen) l'adaptació de peixos d'aigua salada a aigua dolça per veure com responien a la baixada de concentració d'ions. Per a això van mesurar tant la concentració d'ions a la sang, com l'expressió de les proteïnes que abans us hem presentat.

    La sopresa va aparèixer quan van comprovar que, al posar els peixos en mescles d'aigua cada cop amb majors quantitats d'aigua dolça, tot i que no hi havia cap diferència a nivell d'expressió d'aquestes proteïnes (és a dir, les seves cèl·lules continuaven comportant-se com si estiguessin dins aigua salada), els peixos no perdien aigua, i la seva sang es mantenia immutable. Aquests resultats suggereixen altres mecanismes de regulació i, sempre segons els autors, apunta cap a un mecanisme pre-adaptatiu que hauria permès a peixos d'aigua salada, com els de l'estudi, col·lonitzar progressivament hàbitats d'aigua dolça en períodes de pressió selectiva.

    La veritat és que l'estudi i les seves conclusions em semblen força fluixes, no ho negaré. Mai posaré en dubte l'esfor´que aquest i tots els estudis comporten, però, quins criteris s'han utilitzat per tal d'escollir aquest precisament com a notícia destacada?. Veient el criteri i la importància dels articles de la revista en altres camps, per què aquest sí i altres no?
    En fi, l'article era una mera excusa per parlar-vos d'Spore.

    Spore, un joc totalment erroni... i totalment divertit! L'altre dia un aic em va mostrar la seva darrera adquisició: Spore. El joc d'EA. Em va enganxar a la primera. Gràfics al·lucinants, eines d'edició i creació de personatges, planetes, edificis, naus... fàcil de jugar, divertit, amb bromes... prometia dies de diversió insana. Fer evolucionar la teva "cèl·lula" fins convertir-la en un "imperi galàctic". Què més podem demanar?

    Però... m'haig de posar un pèl "pureta". Si fos un joc "històric" el que cometés tants errors fa temps que haurien sorgit hordes d'historiadors protestant. I si s'haguès basat en algun fonament religiós... a la foguera! (que és el millor argument de la fe). Però com que toca temes tan "poc establerts" com l'evolució... aquí tot el món a callar.

    Spore comença amb un asteroide arribant al planeta que hem escollit. I dins hi trobem la nostra "cèl·lula". Això s'anomena panspèrmia (la vida va arribar de l'espai) i és una manera d'elongar el debat sobre l'origen de la vida.... d'acord, va arribar de fora, per com va sorgir aquesta? Deixant de banda l'espectacular introducció gràfica, és, a més, una bona manera de no ofendre als ràpidament ofesos: les iglesies que ens consideren "godsends".

    La nostra "cèl·lula" ja té cilis -passi-, boca i ulls -què?! A veure, una cèl·lula no pot tenir ni boca ni ulls (són estructures pluricel·lulars). Aquesta "cèl·lula" ha d'evitar que se la mengin -bé-, menjant per a crèixer i poder reproduir-se -bé. Però, menjant aconsegueix dues fites: adquireix "punts de DNA" que li permetran evolucionar (aissssshhhh!) i es creix de tal manera que aquesta nova mida passa automàticament a la descendència. A això se li diu "Herència des caràcters adquirits", i és allò del coll de les girafes de Lamarck que Weismann va refutar tallant la cua a ratolins.

    Cada cop que al joc quelcom es menja una espècie que té un caràcter diferent, aquest caràcter queda a disposició de qui el pugui agafar. Home, això a nivell de bacteris serien els plasmidis, cercles de DNA codificants per a certes característiques (com la resistència a determinats antibiòtics) que es poden transmetre entre bacteris. Però és que els caràcters que queden a la nostra disposició són aletes, projectores, punxes.... Tot i que és taaaaaaaan divertit!

    Al reproduir-te entres a la pantalla d'edició d'animalons i allpa pots aplicar tots els elements que has anat adquirint... com tu vulguis, sense tenir en compte la pressió que han exercit sobre teu les altres espècies o la falta de recursos... sempre amb la idea de millorar tant com per convertir-se en l'espècie intel·ligent del planeta. Això s'anomena determinisme, i farà les delícies de més d'un teòleg.

    Bé, després d'aquesta enrabiada, haig de confesar que el joc, si descomptem totes les falses idees sobre la evolució que inculca -i que ja veurem que és el que les contrarresta en l'educació- és altament addictiu i divertit. Tot i que no puc evitar quedar-me amb la sensació de que la ciència tant se'l hi fot. PEr als jocs històrics s'assessoren fins a extrems malaltissos... mentres que en els jocs "evolutius", què més dóna? Si els biòlegs no tenen ni temps per jugar, amb la merda de salaris que els hi paguem i els articles que han de publicar...


    Llegir l'article sencer

    6/11/08

    Lab Basics (7): Clitxant biomolècules (II)

    A l'entrada anterior vam veure que l'ADN pot separar-se per grandària i vam avançar que aquesta mateixa estratègia (electroforesi) pot utilitzar-se per a separar i identificar altra mena de biomolècules. Abans d'anar per feina hem de comentar una altra tècnica molt utilitzada per a detectar la presència de cert fragment d'ADN concret enmig de molts altres. Després d'una electroforesi com la ja explicada, en la qual hem provocat que les molècules d'ADN es separin per mida, es pot transferir l'ADN des del gel d'electroforesi fins a una membrana de nitrocel·lulosa o nylon condicionada per a tal fi...: gel i membrana es posen en contacte, formant un sandwich entre capes de paper de filtre, encarregades d'absorvir un tampó iònic per capil·laritat i fer que l'ADN abandoni el gel i es quedi enganxat a la membrana. Posem aquesta membrana en contacte amb un líquid que contingui alguna cosa que s'uneixi a aquest ADN desitjat, que evidentment serà una seqüència complementària a la qual anomenarem sonda, i els nucleòtids de la qual estaran marcats d'alguna manera perquè després ens revelin la seva posició (amb isòtops radioactius, per exemple). Després podem exposar aquesta membrana a un film de fotografia en una càmera fosca, quedant gravat en el film un patró de bandes que després analitzarem, a la recerca del nostre fragment desitjat.



    Aquesta tècnica la va desenvolupar un tal Edwin Southern i va passar a popularitzar-se com a Southern blot. Ràpidament es va aplicar aquesta mateixa estratègia a la detecció d'ARN: com els científics són la monda, van seguir amb els punts cardinals i van anomenar a aquesta tècnica Northern blot. S'utilitza sobretot per a esbrinar si es troba l'ARN derivat de l'expressió de cert gen en molts tipus diferents de teixits.

    ADN, ARN, i falten les proteïnes per a completar la santíssima trinitat.

    Les proteïnes es treuen a dojo trencant les cèl·lules: s'aplica una electroforesi en un gel especial que contingui una substància desnaturalitzant que trenqui l'estructura tridimensional de les proteïnes i les redueixi a la forma de cadenes d'aminoàcids: les milers de proteïnes presents en la cèl·lula es distribuiran per mida. Per a això no ens serveix una matriu d'agarosa: es requereix un gel d'acrilamida i unes cubetas d'electroforesi especials.



    Les proteïnes es poden posar de manifest tenyint aquest gel amb colorants que es fixen a les proteïnes, com el Coomassie. Les proteïnes més abundants en la barreja donaran lloc a bandes de major intensitat.



    Aquestes proteïnes es traspassen a una membrana, que s'incuba amb un anticòs específic que actuï de post-it natural i reconegui la nostra proteïna estimada i cap altra (per a evitar unions inespecífiques, les membranes es bloquegen amb alguna solució; en aquest cas sol ser llet, perquè les proteïnes de la llet s'uneixin a totes les regions lliures de la membrana i s'eviti que els anticossos s'uneixin a la babalà). Normalment és necessari retirar l'excés d'anticossos mitjançant rentats i tornar a incubar la membrana amb un altre anticòs, conjugat amb alguna molècula de la qual puguem obtenir alguna reacció bioquímica que es pugui detectar (fluorescencia és el més comú). En una cambra fosca es pot obtenir una impressió d'aquesta fluorescencia en un film. Per a continuar amb l'acudit, a això se li diu Western blot.

    Per exemple, la imatge que segueix correspon a un western blot real. En el primer carril es veuen les bandes corresponents a una proteïna normal (hi ha dues bandes perquè la proteïna té dues formes de processament distintes, de mida diferent). Els altres carrils corresponen a aquesta mateixa proteïna però amb mutacions puntuals. L'últim carril correspon a aquesta proteïna mutada amb una deleció d'un fragment: veiem que la mida de les bandes, per tant, és més petita. La intensitat relativa de les bandes es pot quantificar, per a fer un càlcul aproximat de la quantitat de proteïna a la qual correspon.



    I no existeix Eastern blot perquè la tríade ADN-ARN-proteïna ja està coberta (tret que a la Reina se li ocorri algun altre participant en l'origen de la vida).

    Totes aquestes tècniques semblen fàcils d'explicar, però obtenir bons resultats amb elles és francament dificil i requereixen dos dias de feina, i fins i tot més. El que hem explicat aquí és tot just un esbós del procediment complet. A més són tècniques cares. Existeixen, per descomptat, derivacions d'aquestes tècniques, i molt altres processos similars de gran importància, però és impossible detallar-los tots.

    Treball dur i delicat per a poder posar de manifest allò tremendament petit i invisible. Vull rendir un sentit homenatge a tots aquests científics (formats i en formació) que treballen durament en aquestes tècniques davant la incomprensió de la població general, a la qual esmentes que no et surten els westerns i pensen en alguna cosa com això:


    Llegir l'article sencer

    A l'(ADS)L, entrades interess(ADN)ts: 06-11-08

    Aquesta setmana hem llegit i us recomanem:

    • Miedo, fantasmas y cerebro, a Apuntes del camino. Pr apuntesdelcamino. Interessantíssima entrada aprofitant Halloween (Com vem fer fa temps amb el Dia dels Innocents, a Per què ens agraden les bromes?) sobre la hipòtesi dels neurobiòlegs Persinger i French sobre com diferents radiacions electromagnètiques podrien actuar sobre el cervell generant les sensacions de por o de trobar-se en la presència d'un fantasma". Sé que pot sonar estrany i propi de (arcada) certs programes de moda pseudocientífics... però, quina manera millor que deixar una "explicació" tan poc clara per tal de picar la vostra afamada curiositat i fer que llegiu l'entrada recomanada!

    • 10 preguntas curiosas de un test de selección de investigadores, a Tall & Cute. Hil·larant entrada amb preguntes (veritables) de tests de sel·lecció d'investigadors. No, de veritat, qui $%··&$ es fa aquestes preguntes? Les proven abans? Te alguns resultats estadístics? Divertidísima!
    • Creacionismo en la Zarzuela, a La ciencia de tu vida. Per Miguel Ángel Sabadell. JA havia llegia la seva entreada a El Público (i us l'havia recomanat, premi per a qui la trobi! No val google), però aprofito l'(ADS)L per recomanar-vos l'entrada, la reflexió i el blog. Sobre el tema tractat en l'entrada, no tinc res a dir.

    • Quefir, a Dalt s'arbre. Per Sa Monea. "Revocació" d'un escrit pseudo-científic de tants que volten per internet.

    • Atlas de cambios medioambientales, a Siguiendo el cambio climático. Per Blas Benito. Entrada un pèl "antiga" (és de setembre), però no per això menys interessant. Es recomana l'Atlas de canvi climàtic d'UNEP (United Nations Environmental Programme) en el que s'il·lustra el canvi mitjançant casos concrets de regions alterades durant els darrers anys.

    • El poble universal, a Abulafia. Per Abulafia. Bona entrada en la que se'ns recomana la plana de Donald Brown, antropòleg que, en comptes de cercar què separa les poblacions i cultures humanes, ha decidit buscar què ens uneix, què tenim en comú, quins comportaments compartim, per tractar de trobar les arrels del Poble Universal.


    Llegir l'article sencer

    4/11/08

    El gen dels ulls verds

    Moltes vegades, des d’aquestes “pàgines” tant jo com els meus companys l’emprenem contra certes males pràctiques que observem en determinats estaments (com en els articles sobre homeopatia, transgènics a l'assignatura de llengua de la ESO, o creacionisme). Això sí, no poques vegades també l’emprenem amb nosaltres mateixos o, si més no, reconeixem que molts dels errors que cometen altres provenen d’un error en el plantejament que científics i divulgadors oferim quan tractem de fer comprensible la nostra, sovint obscura, ciència (com també fa Dan Agin al seu llibre "Ciència Basura", que ja vaig tenir ocasió de comentar).

    Un dels casos més patents i dramàtics té lloc quan la ciència vol fer comprensible la genètica. La genètica és una de les disciplines científiques que ha patit la més profunda de les revolucions, només comparable a la revolució de la física a partir de la teoria de la relativitat d’Einstein. Al llarg del segle XX, hem passat de poder amb prou feines descriure les descendències esperades a partir d’uns progenitors donats, a conèxier i manipular el substracte mateix en què aquestes informacions es contenien.

    En tots aquells coneixements en què es dóna un salt endavant tant potent, és freqüent que les possibilitats d’explicar als no-iniciats els rudiments del nou paradigma siguin escasses ja que, per començar, són els propis experts els què han de fer-se amb els nous conceptes i la nova terminologia. És després quan apareix l’esforç “vulgaritzador” (entenent vulgaritzar sense cap de les seves connotacions negatives, sino només com a “extensible a tothom”). La vulgarització apareix normalment fruit de l’interés que desperta en el públic la materialització del nou paradigma, la seva aplicació práctica; Creieu-me, poca gent estaria interessada en la relativitat si no s’hagués corregut la veu que, a través dels seus postulats (i de forma molt més indirecta del que molts pensen), es va arribar a la confecció de la bomba atòmica.

    En el cas de la genètica, l’Elena us podria parlar de la dificultat que hi ha en fer accessible al gran públic els seus principis i tècniques (aprofito per recomenar la seva excel•lent sèrie Lab Basics, l’objectiu de la qual és precisament aquest acostament).

    Una de les estratègies que més freqüentment s’utilitza a l’hora d’explicar els macanismes de la genètica és l’analogia de les seqüències d’ADN amb llibres d’instruccions (o amb llibres en general). Diem a la gent: “el teu ADN té la informació sobre com és el teu cos, si ets blanc o negre, si ets alt o baix i, fins i tot, si has de patir tal o qual malaltia”. Una vegada més, els científics en general, i biólegs en particular, hem trobat una bella analogia per tal de fer compresible els arcans de la ciència... I una vegada més, la poesia de la metàfora ha estat interpretada de forma literal per la societat, i ens hem d’enfrontar amb articles que parlen de “gen de la infidelitat” o “el gen que provoca càncer”...

    Estar clar que l’analogia del llibre d’instruccions és perfecta, però només per a fer una introducció. Imatges com aquesta, abandonades al cervell d’algú que després no investiga més enllà, fermenten i generen idees absurdes, convenientment alimentades pels mitjans de comunicació (un ja no sap què prefereix, que parlin de ciència o, vist com ho fan, que no en parlin en absolut...).

    Però, em direu, quin és l’origen de la confusió? Com són les coses en realitat? Per què és absurd parlar d’un “gen dels ulls verds”? Anem a pams:

    - Què hi ha “escrit” realment a l’ADN?

    Un podria arribar a pensar que l’ADN té escrit, en el seu particular alfabet de 4 lletres, coses com “ulls blaus”,“alt”,“fort”, “esquizofrènic”... una cosa darrera l’altra... Tots aquells que ho trobin una bajanada, s’hauran de plantejar, però, què hi ha escrit allà, doncs? Doncs bé, allà hi ha, bàsicament dos tipus d’informació: primer, hi ha escrita la seqüència d’aminoàcids que s’ha d’anar enganxant, una darrera l’altra, per tal d’aconseguir una proteïna concreta. S’estima que, al cos humà, tenim al voltant de 100.000 proteïntes diferents. La seqüència de la majoria d’elles, està escrita en aquest codi genètic. En segon lloc, hi ha tota una sèrie d’informació pràctica sobre el propi funcionament d’aquest ADN: on comença cada proteïna, on s’acaba, llocs que permeten activar/desactivar la producció d’una proteïna donada... és a dir, llocs dedicats a la gestió d’aquesta informació per fer proteïnes. Això és bàsicament tot: informació de seqüències d’aminoàcids i llocs de gestió del quan i el com.
    Evidentment, la cosa és molt més complexa (les seqüències d’aminoàcids no porten només la proteïna, sino instruccions sobre a on ha d’anar, per on l’han de tallar... I a la seqüència d’ADN també hi ha trossos (enormes) que no tenen cap tipus d’informació barrejats amb les seqüències d’aminoàcids i que anomenem “introns”, que són molt importants respecte a les múltiples combinacions que una mateixa seqüència d’ADN pot generar. Us recomano llegir aquest recent post sobre genètica).

    - No hi ha escrit en cap lloc “hemofílic”?

    Vet aquí un dels origens de la confusió. Quan parlem de la hemofília, ubiquem el problema al cromosoma X. Diem “les dones no la pateixen perquè tenen dos cromosomes X, i normalment només n’hi ha un de defectuós, però els homes només tenen un X, així que si és defectuós, cagada pastoret: hemofílic”. Tot i que el fons és cert, la forma fa que acabem pensant que aquest senyor tenia codificada, en algun punt del seu cromosoma X una seqüència d’ADN que deia “hemofilic”. I la cosa no és ben bé així...
    La major part dels casos d’hemofília estan provocats per l’absència (o baixos nivells) d’un factor de coagulació (el número VIII). Aquest factor és una proteïna, i la informació per “construir-la” (i en quines quantitats) està al cromosoma sexual X. Quan aquesta informació està alterada, la proteïna que resulta no és la correcta (no és el factor VIII que hauria de ser), i tot el metabolisme de la coagulació en queda afectat. Ja veieu, un petit error entre els mil•lers de gens que fan les proteïnes del cos, i es genera una condició força complexa...

    - Llavors... Perquè tinc els ulls de la mare?

    Els éssers humans tenim la mateixa informació sobre les mateixes proteïnes i ubicada en els mateixos llocs... per què som diferents? Sóm diferents per vàries raons:
    Hi ha més d’una versió de cada proteïna que funciona bé, tot i que amb diferències; algunes d’aquestes variants no es donen només en proteïnes estructurals, sino també en enzims (proteïnes que fan possible reaccions químiques a l’organisme), cosa que vol dir que, per una mateixa reacció química del cos, diferents persones poden tenir molècules que facin la feina a velocitats lleugerament diferents, amb eficàcies diferents...
    D’altra banda, cadascú pot tenir una informació molt particular pel que fa al “quant, quan i on” s’activa la síntesi de cadascuna de les proteïnes del cos, cosa que es tradueix en que cadascú de nosaltres té un programa de desenvolupament propi.
    El color dels ulls, per seguir amb l’exemple que he agafat des del principi, és el resultat de tota una sèrie de gens: els diferents gens on està escrita la seqüència d’aminoàcids de cadascun dels pigments del cos, els gens que controlen les quantitats de cada pigment que s’han de produir i els mecanismes que fan que les cèl•lules que pertanyen a una regió produeixin una substància o una altra. A més, hi intervenen factors com el gruix de l’epiteli de l’iris i les estructures de colagen de l’estroma de l’ull.

    Hauríem d’intentar abandonar la vella idea de “la mare té els ulls verds i el pare blaus, si el nen els té grisos és que hi ha hagut banyes” o la seva versió postmoderna “no, has de mirar els avis, que també compten! Si els avis tampoc els tenen grisos a llavor sí, banyes...”. En línies generals la cosa funciona, però per unes altres raons: enlloc hi ha escrit “ulls verds” i tampoc hi ha un gen del “pigment verd”. El que hi ha són una sèrie de qüestions sobre el gruix de l’epiteli de l’iris, més la quantitat de melanina produïda en la seva part frontal que sí estan determinades per les diferents variants que podem trobar al material genètic...

    Entés més o menys aquest mecanisme... on emmarquem aquestes bajanades sobre “gens de la infidelitat?”. Doncs això, en l’apartat bajanades. Reduir el comportament humà a l’imperi dels gens és un error. I un error perillós, a més. La frenologia (que creia endevinar les capacitats intel•lectuals, però també les tendències delictives, a través de les protuberàncies del crani) ara ens pot semblar estúpida, però en el seu moment va servir per justificar la pretesa supremacia racial a l’Alemanya nazi (i als Estats Units de l’època, tot i que ara amaguen aquest vergonyós passat).

    On establiríem la culpa de la ciència?

    El nostre paternalisme a vegades ens porta a acceptar que la gent només conegui l’explicació més superficial: ens conformem amb que la gent repeteixi el dogma “els gens determinen la teva biologia”; però com deia abans, aquestes idees, abandonades dins del cervell sense més contingut, fermenten i generen idees pseudocientífiques que poden tornar-se en contra de la pròpia ciència: qui no ha sentit la perversió que se’ns atribueix de cercar bebés a la carta pel que fa a color d’ulls, bellesa, inteligència... totes elles idees perverses somiades secretament per alguns, però que als autèntics científics els semblen improductives, quan no simplement absurdes! (quan els científics pensen en seleccionar bebés ho fan pensant en esquivar determinades malalties, i en cap cas per satisfer desitjos personals, però en canvi la gent creu que si no es fa és perquè els governs han deixat molt clar que ho prohibeixen!).
    Una altra culpa de la ciència la podem trobar en la nostra manera d’abordar l’investigació dels gens. Com que moltes vegades el que busquem és guarir una determinada malaltia o conèixer el seu origen, acabem batejant els gens implicats amb noms tan desafortunats (per a la opinió pública) com “Breast Cancer Gene 1”(gen del càncer de mama 1). Què volem (sense informació addicional) que pensi la gent que llegeixi aquest nom? Pensen “vet aquí un gen que provoca càncer”.

    En realitat es tracta, com tots, d’un gen que fa una proteïna. En aquest cas, el que s’ha vist, és que, entre la població de dones que han sofert càncer de mama, aquest gen es troba ALTERAT MÉS FREQÜENTMENT que en la població femenina en general. Dues coses a assenyalar:

    ALTERAT: el gen BCG1 el té tothom, homes i dones, amb càncer i sense. És una alteració d’aquest gen la que s’ha relacionat amb el problema.

    MÉS FREQÜENTMENT: l’alteració no provoca càncer, però sembla augmentar les possibilitats de tenir-lo (de fet, al menys un 15% de les dones amb el gen alterat desenvolupen càncer). Això només té sentit quan analitzem les poblacions, ja que no té cap sentit terroritzar totes les dones amb el BCG1 alterat, ja que el 85% d'elles no patirà càncer.
    El problema és que a la premsa la cosa acaba en “Descobert gen del càncer de mama”, i el nom científic del gen ajudarà a mantenir la confusió...

    El debat podria allargar-se si explorèssim fins a quin punt els científics bategen els gens amb noms més o menys espectaculars per tal d’aconseguir fons, i això ens portaria a plantejar-nos els problemes d’una investigació que depèn de la seva comerciabilitat per aconseguir fons, però crec que per avui ja m’he allargat bastant.

    En resum, si tothom tingués present com funciona veritablement la variabilitat genètica i quin és el tipus d’informació emmagatzemada, tothom tindria clar, de quines coses pot haver un “gen responsable”, de quines només pot haver certes predisposicions, i de quines només podem trobar absurdes afirmacions pseudocientífiques...


    Llegir l'article sencer

    2/11/08

    S'apropa l'hivern: Origen fred de la vida

    L'origen de la vida és un dels camps d'investigació més atractius i interessants als que els éssers humans pot aspirar. Sabe com -o quan- una "sopa" de molècules comença a adquirir capacitat autorreplicativa, quan comença a consumir energia per tal de mantenir-se ordenada dins una dissolució caòtica de milers o milions d'elements, comportaria un salt de tal magnitud en la concepció de la nostra pròpia existència que hauria de ser una minoria la que s'oposés a aquest coneixement. En fi.

    Idees règies (i il·legals) a banda, fa més de 75 anys que Oparin va postular la possibilitat de que els components més bàsics de la vida (les molècules orgàniques) es generessin de manera abiotica, per les condicions ambientals de la Terra primigènia. El famós experiment d'Stanley Miller (L'home de la fotografia), així com la troballa de molècules orgàniques a planetes i meteòrits confirmen aquesta hipòtesi.

    D'acord, les molècules orgàniques bàsiques es poden generar a partir de molècules inorgàniques i energia... però, sota quines condicions? I a partir d'aleshores? A tres entrades "antigues" parlàvem tant de que es podia considerar vida, com de la teoria actual mñes acceptada, la del món d'RNA, i d'una nova teoria defensada per Robert Shapiro, la del món metabòlic. Preparant l'entrada sobre El Llac Vostok vaig assabentar-me d'una altra teoria, l'origen fred de la vida, i em va picar la curiositat... tot i que molta informació no he estat capaç de trobar.

    Els partidaris de l'origen fred de la vida esgrimeixen diferents arguments:

    1. Glaçons de purines i pirimidines. Les purines y pirimidines són les que donen nom i lletra (A,C,G,T) als nucleòtids del nostre DNA (i RNA). Sembla ser que concentracions relativament elevades d'àcid cianhídric a baixes temperatures són capaces de generar aquestes bases. En un planeta glaçat es podrien donar regions amb concentracions puntuales d'àcid cianhídric (HCN) suficients com per generar aquests composto, com defensen els autors dels següents articles: [1] y [2].

    2. La fredor de l'RNA. El món de l'RNA estaria regit per organismes en els que l'RNA no tan sols contindria la informaició genètica, sinó que també portaria a terme els porcessos "cel·lulars" (els ribozims). La funcionalitat de l'RNA, segons els autors d'aquest estudi, sembla incompatible amb temperatures elevades, per la qual cosa, el món d'RNA necessitaria un escenari més aviat "freshquet".

    3. El laberint de l'orgànic. Quan l'aigua es congela, expulsa els iones que pot arribar a contenir, per la qual cosa l'aigua que està al voltant (o dins) les grans mases de gel, tenen una major concentració d'aquests compostos. Segons P. Buford Price, aquests escenari de grans blocs de gel amb cavitats plenes d'aigua amb grans concentraciones d'ions i molècules orgàniques hauria afavorit no tan sols les reaccions redox a través de les que els primers organismes haurien obtingut l'energia, sinó també la síntesi de molècules orgàniques cada cop majors.

    4. El mestre glaçat El propi Stanley Miller va escriure un article en defensa d'aquesta hipòtesi, en col·laboració amb el científic mexicà Antonio Lazcano. Aquesta defensa es fonamentava en la poca estabilitat dels compostos orgànics a altes temperatures.
    El debat, com apreciareu, porta més d'una dècada "calent". Els defensors de l'origen calent (als surtidors termals dels oceans, per exemple) de la vida, també han anat aportant les seves dades (Serveixi aquest article d'exemple). Estem parlant d'una època molt llunyan de la història del nostre planeta, la qual, com apunta Miller al resum del seu article, no ens ha deixat cap roca no metamorfitzada que pugui aportar més informació de la que disposem... realment, és un dels debats més enriquidors i interessants que pot tenir la ciènciaEstamos hablando de una época muy lejana de la historia de nuestro planeta, la cual, como apunta Miller en el resumen de su artículo, no nos ha dejado ninguna roca no metamorfizada que pueda aportar más información de la que disponemos... realmente, es uno de los debates más enriquecedores e interesantes que puede tener la ciencia.

    La part negativa? Les dificultats que ha de tenir que et donguin una subvenció per tal d'investigar en aquest camp... La seva poca "aplicabilitat" a curt termini no li assegura beques automàtiques... si ni tan sols podem possar-hi la paraula "càncer" o "fàrmac" a l'informe per tal d'aconseguir una beca o finançament.


    Llegir l'article sencer