Mirar a ADSADN Mirar a Google

27/6/09

Preparant el viatge

Hola!

Mini-entrada per disculpar-me per l'abandonament temporal dels meus deures de "redactor" del blog. Però tot té la seva justificació. A banda d'un pic de treball important, he hagut de preparar-me pel congrés al que assistiré la setmana vinent. El congrés anual de Lindau en el que joves investigadors tenen l'oportunitat de conversar amb 20 premis Nobel (aquest any majoritàriament de Química). A més, ¡podré entrevistar personalment a 5 dels premiats! Encara no m'ho crec. Espero poder-vos informar des d'allà mateix.

Ens veiem!


Llegir l'article sencer

18/6/09

FoxP2, el gen de la parla. Una intensa història.

Bé... Aprofitarem que el gen FoxP2 va tornar a sortir fa relativament poc en els diaris (mireu aquesta notícia d'El Público) per presentar-vos una entrada recopilatòria de la sèrie divulgativa sobre aquest sobrevalorat gen. A diferència de les altres sèries indexades (Biotolkien, LabBasics, i Biotolkien II), la sèries de FoxP2 és, en part, cronològica: un resum dels articles que s'han publicat des del seu (recent) descobriment. Amb el vostre permís, en comptes d'indexar-la, la posaré tota seguida... així que no us espanteu amb la seva extensió final...

Fa poc més d'un mes, en Quim us va parlar, a la seva entrada El gen dels ulls verds, sobre la condusió que existeix amb la funció dels gens i el que aquests "fan". L'entrada incidia sobre l'error comú de creure que existeix un gen per al color dels ulls, per a l'hemofília o per a tenir unes proporcions hel·lèniques perfectes. Tampoc existeix pas el "gen de la parla", per molt que fa uns anys es comentès en més d'un "noticiari". Aquest gen en qüestió és el FoxP2. És realment el gen de la parla? És l'únic?

Anem a pams. Els gens codifiquen per a proteïnes. Cosa que vol dir que a partir d'ells es construeixen determinades proteïnes. I res més. Com pot el gen FoxP2 ser el gen de la parla?... què fa? ¿una proteina que fa soroll?

Les proteïnes poden tenir diferents funcions. Algunes són estructures sobre les que es sostè i viu la cpel·lula. D'altres són capaces de "fer coses" (els famosos enzims). D'altres són capaces d'unir-se al DNA i controlar l'expressió de diversos gens, és a dir, la seva transcripció... FoxP2 és un d'aquests factors de transcripció (comentats ja a Back to the future, Origen genético y epigenético de la magia, o ¿Quién corrompe a los linfocitos?). O sigui que la seva funció és controlar l'expressió d'altres gens, que al seu torn serveix de planell per a la construcció de noves proteïnes, etc...

Anem a veure què coneixem fins el moment de FoxP2 i veurem a quina conclusió arribem.

2001-2002: El monolit del llenguatge
Comencem pel principi. FoxP2 apareix per primer cop mencionat en un article de l'any 2001 (és un gen "jove"). Va ser identificat al cervell? Cantava? No. L'article de Weigo Shu i col·legues identifica dos nous gens, FoxP1 y FoxP2, a pulmó de ratolí i actuant com a repressors. És a dir, impedint que determinats gens s'expressin. Pulmó? Repressor? Existirà aleshores un "gen del silenci inhibit per FoxP2?

Als següents lliuraments de FoxP2, el gen xerraire, comentarem més articles que s'han anat publicant des del seu descobriment i veurem perquè s'ha guanyat la fama que té.

2001-2002: El monolit del llenguatge (Reprise)
Comencem pel principi. FoxP2 apareix per primer cop mencionat en un article de l'any 2001 (és un gen "jove"). Va ser identificat al cervell? Cantava? No. L'article de Weigo Shu i col·legues identifica dos nous gens, FoxP1 y FoxP2, a pulmó de ratolí i actuant com a repressors. És a dir, impedint que determinats gens s'expressin. Pulmó? Repressor? Existirà aleshores un "gen del silenci inhibit per FoxP2?

L'article anterior va aparèixer el juliol de 2001. A l'octubre es publica la primera relació entre aquest gen i la parla. L'equip d'Oxford d'Anthony (recordeu que el cap sempre signa el darrer) portava temps estudiant persones amb dèficit a la parla i havia trobat una família (família KE) en la que aquest defecte s'heretava com si es tractès d'una malaltia genètica "mendeliana" (les que depenen tan sols d'un gen concret). Havien aconseguit identificar, fins i tot, a quina regió del cromosoma 7 humà es trobava el problema. I allà es trobava el FoxP2. Els individus que tenien afectada la regió del cromosoma 7 on es troba FoxP2 presenten dificultads en la parla. Bingo! Si no tens el gen i tens dificultats per parlar, significa que el gen és necessari per a aquesta funció. Llestos. Tan important descubriment va merèixer comentaris tant en el propi Nature, com en el seu "rival" Science, en el que, per cert, aclamen al nostre protagonista com el "primer" gen de la parla.

Diferents articles apareguts posteriorment van buscar aquest gen en d'altres pacients amb dèficits en la parla i no van trobar-hi relació amb FoxP2. Dit d'una altra manera, tot i tenir un FoxP2 inmaculat, aquests pacients presentaven carències a nivell de llenguatge (com en el cas dels 270 nens de 4 anys analitzats en aquest article). Queda clar, doncs, que FoxP2 no és l'únic gen de la parla, perquè hi ah gent amb problemes, fins i tot tenint un FoxP2 tan "bo" com el de qualsevol altre.

Aquests resultats no van impedir que es desfermés l'alegria i que fins i tot Science s'atrevís a anomenar-lo ja el "gen de la parla" en aquest review del 2002 (els review són articles en els que s'intenta posar tot el que es coneix sobre un tema en concret; contè moltes referències i normalment cap experiment). Filant encara més prim, altres reviews ja l'incloien entre "els gens que ens fan humans".

Per altra banda hi havia altres publicacions que volien portar cordura a aquest debat. És el cas de l'article de Diane Newbury i el propi Anthony Monaco amb el que pretenien analitzar l'impacte, un any després, del descobriment de la seva relació amb la parla sent que aquesta relació tan sols s'havia demostrat en una sola família.

A la propera entrada canviarem per fin d'any (2002) i veurem com FoxP2 es converteix en una nova diana evolutiva i neurobiològica.

Un gen descobert en pulmó es converteix en el principal culpable d'una deficiència en la parla. Es prepara el gran salt per a ser reconegut com... "el gel de la parla". Però, és això cert? ¿Quins altres secrets i polèmiques guarda aquest gen? Continuem amb la nostra història.

Si FoxP2 havia de ser un gen clau en la nostra evolució, havia de ser-ho. El desembre de 2002 aparegué un article en el que s'analitzava la tasa de canvis (mutacions) a la seqüència de diferents proteïnes d'humans, ximpanzés i ratonlis, amb l'argument de que "els gens responsables del fenotip humà han d'haver-se trobat sota pressions selectives alterades durant l'evolució humana i, per tant, mostraran canvis en la tasa de substitució a nivell de la seva seqüència proteica". Resumint, els gens que "ens fan humans" (fenotip) presentaran més canvis que els que no importaren tant a la nostra "carrera" homínida. Dels seus anàlisi sorgeixen dos gens, PRM2, implicats a la generació d'espermatozous, i que ells relacionen amb la pressió evolutiva sexual (?), i, ja us ho podeu imaginar, FoxP2. Comparant-lo amb altres mamífers, el FoxP2 dels humans era el més diferent (sic). Amb aquests resultats s'afirma que FoxP2 "poden haver jugat un paper en l'origen de la parla humana". Us recomano que us llegiu l'abstract (la introducció-presentació de l'article), paga la pena. Si a més voleu llegir-vos-el sencer, podeu, ja que l'article no és de pagament.

2003: Cromosomes i cervells
El gener de 2003 apareix un nou review, Desxifrant les bases genètiques dels desordres de la parla i el llenguatge en el que es torna a parlar dels diferents origens d'aquests desordres i en el que s'assenyala altres regions dels cromosomes 2, 13, 16 y 19, com a responsables d'alguns d'aquests desordres. Apareixien nous companys de FoxP2... (aquests mateixos resultats es poden veure comentats en aquest article del grup d'investigació colombià encapçalat per D.A. Pineda)

L'anàlisi de FoxP2 anava avançant i s'anava estudiant on s'expressava (trobant-se, entre d'altres, al cervell) i quines espècies el presentaven. FoxP2 existeix en tots els vertebrats en els que s'ha cercat. Fins i tot en peix zebra. El juny de 2003 ja es parlava d'aquests descobriments, però això no impedia a Marcus y Fischer defendre el paper de FoxP2 en el llenguatge ja que aquest gen "pot, sense ser específic de cervell (recordeu que també s'expressa en pulmons) o de la nostra espècie, proporcionar un incomparable punt d'entrada en el coneixement de les cascades genètiques i els camins neuronals que contribueixen a la nostra capacitat per a la parla i el llenguatge". (Dos anys després apareixerà un article de revisió de resultats en el que es comenten els darrers avenços en aquests sentit).

El juliol de 2003 es va precissar una mica més el lloc d'expressió de FoxP2 al cervell. El cervell és un òrgan extremadament complex. Tot i la seva complexitat sembla que existeix una especialització de les seves regions. Resulta que FoxP2 (i el seu "cosí-germà" FoxP1) s'expressen al Cos estriat, una regió especialitzada, segons sembla, en la producció de moviment i d'altres respostes, així com de la memòria a llarg termini de seqüències de moviments associades a "habilitats" (procedural memory). La parla podria ser una d'aquestes "habilitats", amb la qual cosa, segons els seus autors, els resultats d'aquest article reforçarien encara més el paper de FoxP2 en la parla.

Després del seu desobriment a pulmó de ratolí [1], FoxP2 es veu implicat en l'aparició del llenguatge humà [2]. Els estudis sobre aquest gen es succeeixen [3]...

2004-2005: Blackbird singing in the dead of night
Entrem al 2004 amb un article en el que s'analitza l'expressió dels dos gens (FoxP1 y FoxP2) en ocells cantors (el diamant mandarí, Taeniopygia guttata). Recordem que FoxP2 es troba en tots els vertebrats, i els diamants no en són una excepció. Aquests ocells "modulen" la seva veu durant la seva vida com un sistema de comunicació, igual que fem nosaltres. Per tant, sembla ser que els resultats que es derivin de l'estudi d'aquests ocells serà extrapolable a humans. Anem a veure quins van ser aquests resultats.

Aquest article demostra que FoxP2 y FoxP1 també s'expressen en el cos estriat también dels diamants mandarins, incloent les seccions d'aquest cos encarregades de la integració d'estímuls senso-motrius i del control de moviments precissos i coordinats (els quals intervenen tant en la parla com en el "cant dels ocells"). Assenyalen, a més, el probable paper de FoxP1 en algun d'aquests desordres lingüístics, donat que s'expressa en els mateixos llocs del cervell d'aquestes aus.

El juny d'aquell any la responsable del grup on es va produir l'estudi, publicava ja un review... cap dels altres signants dels primer article apareixia en aquest darrer article. Parlant de tot una mica, sabeu el títol de l'article de juny? Components genètics de l'aprenentatge vocal . (Un parell d'anys més tard el mateix grup d'investigació comprovaria que la quantitat de proteina FoxP2 disminueix en el cervell dels ocells mascles que canten per a ells mateixos, però no en els que canten per a les femelles. La solitud sempre és mala companyia. Deixant les bromes, aquests resultats van demostrar que l'expressió de FoxP2 no és fixa, sinó que depèn de factors externs).

Descobert a pulmó [1], però ràpidaent associat al llenguatge [2], el gen FoxP2 comença a sortir a la llum dels neurobiòlegs [3], i ornitòlegs [4].

El tema dels ocellets seguiria donant de si. Un any després (2005) apareixia aquest treball (aquí) en el que es seqüenciava el gen FoxP2 de diferents ocells cantors (l'article és de lliure accés, així que podeu accedir a ell i veure la llista de les espècies analitzades) per després comparar les seqüències entre elles i amb la d'altres vertebrats, com la dels humans. Els resultats indicaven que no hi havia variacions importants entre els ocells, però sí entre aquests i els humans (resultat lògic, si tenim en compte que estem més separats evolutivament). Les mutcions que apareixen al FoxP2 humà no apareixen ni en dofins, ni balenes, ni rat-penats. Per dir-ho d'una altra manera, la tirallonga de lletres del gen dels humans, és "única"... ah! com respira de bé el nostra antropocentrisme!.

Té molta importància aquesta darrera dada? No. Les diferències en les seqüències dels gens no són rares i augmenten amb la distància filogenètica de dues espècies.
És a dir, dues espècies que es van separar evolutivament fa molt i molt de temps, tindran les seqüències dels seus gens més diferents que les espècies que fa menys temps que van divergir. Per exemple, els gens de rata i ratolí són molt més semblants en la seva seqüència que els de rata i cuc. Es poden construir "arbres" dels gens basant-nos en les similituds de les eves seqüències de nucleòtids.

Aquí teniu el de la família FoxP (al qual he arribat per aquest camí: Pubmed gene, homologene, orthology, i treefam, recursos tots ells gratuïts).


En aquest arbre es representen els gens i seqüències susceptibles de ser gens d'aquesta família. Com qualsevol altre arbre genealògic, com més a prop estan dos gens, més emparentats es troben; més temps fa que els seus camins evolutius van divergir del dels seus "besavis". La primera cosa en la que ens hem de fixar és en els grans grups que apareixen (marcats amb colors). En blau veiem els FoxP3, els "cosins llunyans" de la resta (fixeu-vos que la seva línia principal, la del "72", seria filla de la del "53" que queda a l'esquerra i, per tant, tan sols tindira una "germana", la "100" de la que surten tots els altres grup acolorits). Aquests altres grups són FoxP4 en verd, FoxP1 en rosa i el nostre FoxP2 en groc. Fora de la coloració ens trobem amb gens semblants (homòlegs) als FoxP de mosques (DRO) i cucs (CAE i SCH). Però centrem-nos en FoxP2.

Com ja hem esmentat, com més allunyades es trobin dues espècies, més diferències presenten els seus gens homòlegs. En aquest sentit els arbres derivats de la seqüència dels gens es poden utilitzar com a arbres genealògics e les espècies. Aquesta analogia és correcta si s'han acumulat mutacions de manera constant en totes les línies evolutives. Si, com sembla deduir-se de l'article que ha provocat tota aquesta reflexió, existeix alguna línia "privilegiada" que acumuli més "mutacions" que d'altres -justificant-se així la natura "especial" d'aquesta espècie- el gen d'aquesta espècie no es trobarà entre els homòlegs de les espècies més properes evolutivament, sinó que e trobarà "apartada" d'aquestes. Però, oh tragèdia, no és així.

Al zoom podeu apreciar com el gen FoxP2 dels humans es troba ben a prop dels ximpanzés
Pan) i macacos. Aquest "trio" d'homòlegs es troba molt emparentat amb els FoxP2 de la resta de mamífers, ratolins (Mus), rates, braus (Bos), gossos, dofins, i, a certa distància, ornitorrincs. Relacionat amb aquest "pack" trobem el FoxP2 de gall. I a més distància el de la granota Xenopus. Aquest grup dels "vertebrats terrestres" es troba emparentat amb la resta de gens FoxP2 que presenten els peixos (Danio, Tetraodon, Fugu, Gasterosteus, y Oryzias). És evident, per tant que el FoxP2 es troba on ha d'estar per seqüència i que no té res de "més especial" en quant a la seva tirallonga de nucleòtids que la resta d'organismes.

El 2005 FoxP2, el "gen de la parla", ha recorregut un llarg camí en 4 anys... passant dels pulmons de ratolí [1] al cervell d'una família d'humans amb deficiències en la parla [2] i d'aquí als ocells que canten [4]. Però encara ens queden 3 anys per endavant...

2005: S'afina la cerca i s'expandeixen les espècies
El 2005 és un altre dels anys importants per a la fama de FoxP2 ja que es van descriure nous casos d'alteracions de la parla lligades a modificacions d'aquest gen en pacients sense cap parentiu amb la nostra ja famosa família KE inicial. DE 49 afectats per transtorns de la parla, 3 presentaven "errors" en el FoxP2. Els flaixos tornaven a brillar. (El mateix mes en què apareixia aquest nou article es publicava un extens treball d'un investigador sevillà, A. Benítez Burraco, en dues parts, I, y II)

Un mes més tard es publica un treball amb ratolins en els que el gen FoxP2 es troba alterat. Els ratolins amb les dues còpies "dolentes" del gen presentaven alteracions greus de mobilitat i mort prematura. Cosa sèria. Si, pel contrari, tan sols tenia una còpia alterada (eren heterozigots) tenien desordres a la seva vocalització "ultrasònica" (la crida entre la cria i la mare és inaudible pels humans), sense veure afectada la seva memòria o la seva capacitat d'aprenentatge. FOxP2 semblava, per tant, desenvolupar un paper important també en la "vocalització" dels rossegadors. En aquest estudi situen l'expressió de FoxP2 al cerbel, que no és el cos estriat, però també participa en la "memòria" que hem comentat anteriorment i en els moviments precisos i repetitus, com parlar (per a algunes persones més que per d'altres).

Mentrestant, d'altres treballs investigaven sobre la seqüència espaial i temporal de l'expressió de FoxP2 en peixos zebra. Bàsicament miraven on i quan es fabrica la proteïna durant la formació de cervell i cerebel d'aquesta espècie. Noves espècies. Noves dades. Nous articles.

Image: Wikimedia

Després de la descripció de la relació de FoxP2 amb algunes deficiències en la parla d'una família, els estudis sobre aquest gen es centren n el seu possible paper sobre el llenguatge i l'evolució d'aquest. Els estudis descrits en els capítols anteriors es realitzaven sobre un nombre cada cop major d'espècies.

Bufff... Per aquí sembla que no avancem. Tornem als humans. Tot i que les diferents proves que indiquen que FoxP2 no és, ni molt menys, l'únic gen implicat en l'aparició de la parla, es continuen publicant articles com aquest en el que es postula que el canvi en l'evolució humana que portaria d'un llenguatge gestual a un vocal articulat s'hauria donat en diferents passos, el darrer dels quals va passar fa 100.000 anys i correspondria a la mutació de FoxP2. Una sola mutació? Per que FoxP2? Per què no posar" i en el darrer pas, es donarien mutacions en un o més gens que conduïrien cap a la situació descrita"? Sospito que l'efecte "publicitari" de FoxP2 hi tenia molt a dir... Posar FoxP2 en un dels teus articles assegurava un augment de les possibilitats de publicació i finançament (O siguie, que ja ho sap senyor Castells).

Tal i com hem pogut observar, fins el 2005 els articles publicats es centraven en el paper "a gran escala" de les mutacions de FoxP2. És a dir, quins símptomes presentaven els organismoes quan tenien mutat o no tenien aquest gen. El septembre de 2006 apareixia un complet article en el que es focalitzava la seva investigació en l'efecte de les mutacions de FoxP2 sobre la proteína, utilitzant per a això línies cel·lulars humanes establertes, en cultiu, immortals.Gràcies a aquests anàlisi van començar a poder-se conèixer millor les funcions i localitzacions de la proteïna codificada per aquest gen, així com els aminoàcids concrets que participaven en aquestes funcions. Recordeu que les proteïnes són tirallongues d'aminoàcids que es pleguen amb una forma tridimensional característica que és la que determina les seves propietats. Hi ha aminoàcids que tenen un paper més important que d'altres en funcions concretes de la proteïna. Els estudis d'aquest article (de lliure accés) van identificar una bona part dels aminoàcids implicats en la localització cel·lular (on ha de trobar-se la proteïna), la unió al DNA (recordem que FoxP2 és un factor de transcripció que s'uneix al DNA i controla l'expressió d'altres gens), la funció transactivadora (la qual determina aquesta activació de la transcripció) i la dimerització (FoxP2 actua per parelles, com ala guàrdia civil). A més a més, a l'article s'analitzen les diferents formes que es produeixen per splicing alternatiu. Molts dels nostres gens poden donar lloc a variacions d'una proteïna unint de manera distinta els diferents exons que presenten (per a una explicació un pèl més extensa, doneu-li un cop d'ull aquesta entrada anterior sobre Alus i exons). Aquest article va servir com un tret de sortida per a alatres articles basats en la funcionalitat i localització d'aquesta proteina, com ara aquest.

A partir d'aquest moment es poden seguir tres grans vies d'investigació referents a FoxP2

  • La via animal, centrada en l'estudi d'aquest gen en animals "comunicatius" (tot i que, com hem vist, aquest gen es troba en tots els vertebrats, "parlin" o no "parlin")
  • La via evolutiva, centrada en la justificació de FoxP2 com un gen important en l'evolució humana.
  • La via molecular, la més activa els darrers anys.
Image: G3Pro, Wikimedia commons.


La via animal.
Les primeres passes en aquesta via les van donar els investigadors de les aus cantores (aquí), i es va continuar amb estudis de comparació de seqüència d'aquest gen en diferents mamífers, amb conclusions més que discutibles (comentat ja aquí). En el simposi sobre FoxP2 celebrat el 2006 (resumit en aquest article), aquesta via tenia un gran pes específic, com es dedueix del títol de l'article-resum: "Ratolins cantants, ocells cantaires, i altres: models de la funció i disfunció de FoxP2 en la parla i el llenguatge humans". D'aquest article m'ha sorprès que cada autor signa un subapartat, pràctica no massa extesa en els articles científics.

Què poden ser els altres del títol? Ah! Hi podem trobar de tot! Desde rat-penats ecolocalitzadors en els que també s'estudia l'"acceleració" de l'evolució del seu FoxP2 fins a micos, en els que s'analitza l'expressió de FoxP2 i FoxP1, entre d'altres gens, al seu cervell. Això sí, sempre sense deixar de banda ni els ratolins, ni les aus cantores.

En els primers es demostra que FoxP2 no "tan sols" participa en el llenguatge, sinóque també té un paper important en l'aprenentatge de determinades habilitats motores, fet que tampoc hauria de sorprendre'ns, ja que des del principi se li suposava aquest paper per la seva localització en el cos estriat, precissament la porció del cervell implicada en aquest aprenentatge (refresquem-nos la memòria, aquí).

Els ocells cantaires han continuat proporcionant articles a qui els han utilitzat com animals d'experimentació. Alguns dels articles produits són tècnicament complexes. Com a mostra, aquest en el que s'aconsegueix eliminar FoxP2 d'una zona concreta del cervell (en el basal Ganglia Nucleus Area X, de la qual no sé ni on es troba). Aquesta supressió l'aconsegueixen mitjançant l'ús de lentivirus amb els que aconsegueixen introduir un RNA d'interferència (el nostre vell conegut) per FoxP2 solament en les cèl·lules d'aquesta àrea del cervell. Així podem tenir ocells amb un cervell normal )perquè tenen FoxP2 durant tot el seu creixement), podent veure concretament el paper d'aquesta proteïna en ocells adults i en aquesta zona minúscula del cervell. Amb aquest estudi arriben a la conclusió de que FoxP2 és important en la imitació dels cants d'altres ocells. Impressionant, oi?

Un apunt sobre com funcionen les revistes científiques... aquí teniu les dates de lliurament i acceptació i publicació d'aquest article: Received: September 25, 2006; Accepted: October 17, 2007; Published: December 4, 2007. Treieu les vostres pròpies conclusions...

La via evolutiva
La relació de FoxP2 amb l'evolució humana és tan antiga gairebé com el descobriment del gen. Qualsevol cosa que ens faci diferents als animals és benvinguda... i els científics ho saben i ho aprofiten. FoxP2 és un dels pocs gens coneguts per no-genètics o no-biòlegs... degut a les planes de notícies científiques de diaris que va ocupar. Però, com sempre, la informació venia sesgada i exagerada. Ni és l'únic gen del llenguatge, ni és exclusiu dels humans (ni tan sols dels primats). Tanmateix aquestes no li resten importància a l'estudi de l'evolució del llenguatge articulat i gramatical de què disposen tots els humans. En aquest sentit vull destacar un article de la Revista de Neurología, signat per A. Ardilla, en el que es postula que la base gramatical del llenguatge seria posterior a la lèxicosemàntica. La base lèxicosemàntica, segons l'autor, hauria aparegut fa uns 300.000 anys i, per tant, la compartiríem amb altres homínids, mentres que la gramàtica tindría "només" 50.000 anys i seria exclusiva dels H. sapiens

Aquest és un dels diferents articles sobre el tema que s'han anat publicant durant aquests anys... la polèmica estava servida, com sempre que s'entra en discussions evolutives. El juliol de 2006 va aparèixer un article que pretenia resumir tots aquests articles sobre l'evolució del llenguatge, intentant aportar una nova visió per tal de redirigir aquesta nova disciplina. No sí si ho va aconseguir, ja que el tema continua candent com al principi, i més des que es va identificar el mateix gen als Neandertals (i aquí). En els darrers anys s'estan identificant més i més gens compartits entre aquestes dues "espècies", i més que n'apareixeran dins el marc del projecte Genoma del Neandertal. S'afegiran així noves dades a la visió molecular de l'evolució.

La via molecular
Tot i que FoxP2 es va descobrir a pulmó (sembla que faci segles, però va ser el 2001), la seva ràpida implicació en el llenguatge va copar tots els estudis relacionats amb ell. O gairebé tots. Una petita vil·la de Pennsylvania es resistia al corrent general i van publicar aquest article en el que es demostra el paper de FoxP2 en el desenvolupament de pulmó i esòfag... sembla, doncs, que FoxP2 no és exclusiu de cervell, dada que acostuma a obviar-se en tots els articles de "ciència" dels mitjans que parlen d'ell.

Segurament degut a la implicació de la proteïna FoxP2 en múltiples processos, els ratolins que no presenten cap còpia d'aquest gen (no per part de la mare, ni del pare) no arriben a nàixer. Què podem fer per estudiar la manca d'aquest gen? Una possibilitat és la desenvolupada en aquest article en el que es generen ratolins mutants condicionals per a la manca de FoxP2. En aquests ratolins el gen per a la FoxP2 està flanquejat per seqüències Lox. Aqeustes seqüències són reconegudes per una enzima anomenada recombinasa Cre; la Cre, a través de les Lox, elimina el gen FoxP2 (si voleu saber una mica més com funciona aquest mecanisme, us recomano aquesta antiga entrada). Com que som capaços de controlar al laboratori com i on s'expressa aquesta recombinasa Cre, podem generar ratolins normals en els que en algun lloc i moment concret deixi d'haver-hi FoxP2. Si us hi fixeu, es semblant al cas dels ocells interferits del que parlàvem feia un parell d'entrades.

Una altra ruta investigadora que està florint és el de les diferents formes de FoxP2. Com hem comentat fa unes entrades (a "La perspectiva humana"), la combinació dels diferents exons del gen (les parts que es llegeixen) genera diferents proteïnes FoxP2. Però, com comença a ser habitual per a un gran nombre de gens, a aquesta variabilitat combinatòria dels exons (per splicing alternatiu) s'hi ha d'afegir una font nova de "diversitat" proteica: els diferents llocs on es comença a transcriure el gen. És com si Una frase tingués Diferents majúscules assenualant l'Inicid de la lectura. Podries començar a llegir des de qualsevol d'aquestes majúscules, però aleshores variaria el significat de la frase.

Des de l'inici del seu descobriment se sap que FoxP2 és un factor de transcripció. Els factors de transcripció s'uneixen al DNA de les seqüències reguladores d'altres gens i determinen quan, com, on i en quina quantitat s'expressaran. Si FoxP2 és un d'aquests factors, quins gens controla? Diferents articles han intentat respondre aquesta quasi inabastable qüestió (per exemple, aquest o aquest). Amb les dades d'aquests i altres articles s'han començat a descriure els gens que podrien estar implicats en el llenguatge (penseu-ho així, si FoxP2 té alguna cosa a dir en el llenguatge i la seva funció és controlar l'expressió d'aquests "nous" gens, alguns d'ells tindran alguna cosa a veure al respecte de la parla, no creu?). Aquesta creixent xarxa de gens putatius de la parla comencen a confromar el que s'ha anomenat el lexinoma. La sola existència del lexinoma ja contradiu plenament la idea de que FoxP2 és el gen de la parla... però en masses ocasions se l'acostuma a denominar així.

I acabem ja. No us vull donar més la tabarra amb el FoxP2. El que va començar sent una entrada curta se m'ha convertit en una Sèria Divulgativa de ple dret... espero no haver-vos aburrit gaire. La fi darrera de tota aquesta parrafada inacabable era intentar deixar clar que la identificació del gen FoxP2 com "el gen de la parla" és una tonteria amplificada pels mitjans de comunicació. La parla i el llenguatge són característiques i habilitats extremadament complexes que no poden circumscriure' a l'acció d'una sola proteina. A més a més, aquesta proteina (com quasi totes) també es troba, amb variacions, a la resta de vertebrats. I, per si manquessin evidències, no és única i exclusiva del cervell, també s'expressa a pulmons i esòfag (entre d'altres), controlant el seu desenvolupament. En fi, com molt bé va explicar el Quim a El gen dels ulls verds, no hi ha un gen per a cadascuna de les nostres característiques. Per molt que vengui titulars, o aconsegueixi publicacions i finançament, afirmar-ho.

Abans de tancar la paradeta, recomenar-vos aquesta recopilació feta per un expert en la matèria, A. Benítez-Burraco, publicada en castellà a La Revista de Neurología (en dues partes: [1] i [2].

Parlem...jejeje, no he pogut evitar-ho. Tindré el FoxP2 massa activat. O inactivat. Vés a saber!


Llegir l'article sencer

15/6/09

Preguntes sobre evolució: L'evolució és una teoria?

Després de la llarga entrada semàntica anterior, crec que ja podem enforntar-nos a aquesta pregunta i la seva respota.

L'evolució és un fet. Demostradíssim. Hi ha milers d'evidències que l'avalen i cap que la posi en dubte. I no faig referència a antics éssers mitològics els fòssils dels quals podrien haver estat posats aquí per a confondre'ns pel propi diable (Esglèsia dixit no fa tants anys), parlo del da a dia, de processos que duren dies, setmanes, mesos, totalment qualificables i experimentals.

Les famoses resistències a antibiòtics dels bacteris són un exemple clar d'evolució. Els bacteris evolucionen morint cada cop en menors quantitats als mateixos medicaments que abans funcionaven. També les mosques han evolucionat fent-se cada cop més resistents als insecticides. Seguint en el món de les mosques, es comença a veure evolucions de les poblacions que s'adapten a les noves temperatures derivades del canvi climàtic.

Els virus també evolucionen. I de quina manera! L'evolució del virus de la SIDA és rapidíssima (especialment en determinades regions com les indicades a la imatge: gp120 variable loops); aquest fet el fa especialment perillós perquè li permet saltar-se a la lleugera bona part de les nostres defenses. En un cas mé actual, els virus de la grip també evolucionen... i fan que arribem al grau 6. (Al final de l'entrada trobareu una llista amb aquests articles per a que no hagueu de fer "actes de fe". )



Els éssers vius evolucionen. Punt. Cap científic nega ni posa en dubte aquesta qüestió. Per tant, és l'evolució una teoria? Degut a l'ambigüitat d'aquest sustantiu, no contestaré a aquesta pregunta: la reformularé. L'evolució és molt més que una teoria, és un fet, una llei. Potser moltes de les bajanades que sentim sobre ella s'acabarien si comencéssim a anomenar-la com el que és: "La llei de l'evolució".

Reconèixer i acceptar l'evolució ha permés tots els grans avenços de biologia, farmàcia i medicina dels que gaudim a dia d'avui. Sense l'evolució, tan atacada per certs extremistes, no tindríem moltes de les eines que ens permeten superar amb escreix l'edat a la que moriríem de manera "natural". Una famosa dita diu: "Res te sentit en Biologia si no és sota la llum de l'evolució" (Dobzhansky). Cert.

Però, aleshores, com és que hem sentit algun cop que hi ha científics que no estan del tot d'acord amb Darwin? Perquè, com ja vem dir, la toeria de Darwin no és la de l'evolució; Darwin va explicar com funciona l'evolució mitjançant el que sí està considerada com la seva teoria: la de la Selecció natural. Però ho deixarem per a la propera entrada.

Llista d'articles


Llegir l'article sencer

11/6/09

Preguntes sobre l'evolució: L'evolució de Darwin és "només" una teoria?

Seguim amb les preguntes que vem presentar unes quantes entrades. Aquesta té molta teca: L'evolució de Darwin és només una teoria?

Anem a pams. La pregunta formulada així és errònia. La "teoria" que va propusar Darwin en L'origen de les espècies no va ser la de l'evolució, com molts creuen; Darwin va rpoposar un mecanisme mitjançant el qual l'evolució actuaria: la famosa selecció natural. Feta aquesta puntualització, i superant les ganes de sortir-me per la tangent i acabar la discusió abans d'acabar-la, permeteu-me corretgir la pregunta separant-la.
L'evolució és una teoria?
La selecció natural és una teoría?

Intentaré respondre a aquestes preguntes a les següents entrades, però permeteu-me un petit estudi abans sobre la paraula clau en tota aquesta qüestió:

Teoria. De què este parlant? Moltes de les discusions més absurdes de la humanitat té un fort component semàntic. Com entèn cada interlocutor el significat d'una paraula condiciona la seva manera d'enfrontar-la. Penseu sinó en els debats sobre matrimoni o sobre la llengua catalana/valenciana... Per a molts dels "detractors" de l'evolució, el mot "teoria"els hi serveix com a arma. "Com pot certa una teoria, si el mateix nom porta implícit que no està del tot demostrada? Perquè per a ells "teoria" és això, una cosa no demostrada. I ho diferencien de "dogma" o "llei", paraules amb les que acostumen a estar més familiaritzats. Anem al Diccionari del IEC, a veure què ens explica. Segons aquest diccionari, teoria és:

  1. Coneixement especulatiu, principis generals d’una matèria, d’un art, etc., amb independència de les aplicacions.
  2. Principi general, fórmula, ideats per tal d’explicar cert ordre de fets.
  3. Cos complet i sistemàtic de teoremes sobre una matèria.
  4. (Hi ha una quarta acepció que deixaré per al final)
Sempre que es consulta una definició, s'han de buscar altres paraules per acabar d'entendre en profunditat tot el que significa la primera paraula. Per exemple, "teorema": "Proposició demostrable a partir de certs axiomes o de proposicions ja demostrades". Així la definició 3 de l'IEC ens mostra una definició de teoria que molts no suposaven que pogués existir: "proposició demostrable"

Aquesta "demostrabilitat" ja no és present en la definició 2. Aquí, senzillament, ens trobem davant un exercici mental sense que la demostració l'afecti.

Si ens mirem la definició 1, la paraula clau és "especulatiu". Si busquem "especular" al diccionari de l'IEC ens trobem amb alguna sorpresa. D'una banda, la definició que molts de nosaltres li aplicaria: "Fer càbales, comentaris, sobre alguna cosa que no es coneix amb seguretat". D'altra banda, dues definicions allunyades d'aquesta: "Mirar amb atenció (alguna cosa)" i "Reflexionar, fer suposicions, sobre alguna cosa en un pla teòric" (existeix una quarta acepció referent a interessos i economia que no comentaré per no ferir sensibilitats amb la més que probalbe ironia que se'n desprenderia)

Recapitulant: Si parlem de "teoria" hom pot entendre que ens referim a:
  1. Un coneixement sense aplicació derivat de suposicions sense fonaments (derivat de l'acepció 1 de l'IEC)
  2. Un coneixement sense aplicació derivat de observacions o reflexions profundes (també derivat de l'acepció de l'IEC)
  3. Una explicació d'una sèrie de fenomens (definició 2 de l'IEC)
  4. Un conjunt de proposicions demostrables a partir d'altres (definició 3 de l'IEC)
Amb totes aquestes definicions espero que quedi clar on radica part del problema dels que utilitzen la denominació "Toeria de l'evolució" o "Teoria de la selecció natural"... potser qui l'utilitza vol referir-se a un conjunt de teoremes, però el que l'escolta entèn que són rumore, son rumore. Solució? Utilitzar les paraules adequades que no tinguin, com a mínim, 4 interpretacions. Si no ho fem així correm el risc d'entrar en discusions estèrils que no duen enlloc perquè l'error existeix ja en les paraules de la frase que s'estan discutint. Si cada interlocutor utilitza paraules amb un significat clar, aleshores sí pot existir discusió. Si els dos interlocutors utilitzen una paraula amb diferents significats o interpretacions, aleshores no hi ha discusió possible (a part de la semàntica, evidentment).

Si aquesta entrada us sembla massa filosòfica o, fins i tot, frívola, recordeu que per una qüestió similar (la Santísima Trinitat o la "virginitat" de la verge) s'han produït Cismes en tota una religió. Les paraules són importants. Molt més del que ens imaginem.

Buf. Quina tabarra us acabo de donar. A les properes entrades tractaré amb més profunditat les preguntes inicials.

Per cert, us habia dit que la efinició de "teoria" de l'IEC tenia una quarta acepció. Us la deixo aquí com a curiositat (en ocasions, l'etimologia és taaan irònica...):
Processó, diputació, religiosa en l’antiga Grècia

(Nota per als bilingües catalans-castellans: normalment les entrades de cada llengua són una traducció de l'altra; en aquest cas, però, les entrades són diferents degut a que les definicions de "teoria" també ho són... per si no fos prou complicat...


Llegir l'article sencer

8/6/09

Preguntes sobre l'evolució: Es pot simular actualment de manera artificial la creació d'una cèl·lula simple?

Pasem a la següent pregunta, relacionada amb la que hem estat tractant en les darreres setmanes: Podem simular la creació d'una cèl·lula simple?
Simple? Les més "simples" de les cèl·lules de què tenim constància serien algunes bactèries (seguramente del gènere Mycoplasma)... i us ben asseguro que són d'una complexitat que espanta: centenars de milers de proteïnes de cent tipus diferents relacionant-se entre elles a diferents velocitats; hidrats de carboni transformant-se en energia química que és consumida en milers de llocs alhora; un genoma amb uns cents gens l'expressió dels quals varia segons les condicions del medi; una ingent quantitat de lípids de diferent natura formant part de la membrana que separa l'interior de l'exterior; un fluxe discontinu de molècules, ions, protons a través d'aquesta membrana i de les proteïnes anclades en ella... Tot un món minúscul.

Si la pregunta és: Podem simular la creació a partir de les molècules generades en els experiments sobre l'origen abiòtic de la vida? La resposta és no. Però, és clar, això no demostra que no pugui haver estat així. Portem uns 50 anys des dels resultats de Miller; la primera cèl·lula "simple" com les actuals va trigar uns vint milions de cops més. El problema radica en en el salt de complexitat entre les molècules de la sopa primordial i les molècules que composen una d'aquestes cèl·lules. Què necessiten aquestes molècules per augmentar la seva complexitat? Energia i temps. Res més.

Ara bé, segur que recordareu que fa algun temps apareixia una notícia anunciant que Craig Venter (sí, sí, el mateix que va dirigir el grup provat -n'hi havia de públics- que va seqüenciar part del genoma humà) havia "creat" una cèl·lula artificial. La va batejar com Mycoplasma laboratorium. És certa la notícia? Què va fer l'equip del senyor Venter (sí, amics, tenen un equip tot i que mai surti a les fotos)?

  1. Agafar el genoma de l'organisme més simple que tenia a mà (Mycoplasma gentitalium, trobareu una representación un pèl cutre a la imagen) i analitzar quins eren els gens essencials per a la seva supervivència. Per a això van anar "inactivant" els gens. Aquells gens la dirupció dels quals feia que els bacteris no creixessin, eren els gens essenciales. Si inactivaban la resta, la bacteria sobrevivia.
  2. Després, van sintetitzar un genoma nou que contenia només els gens essencials del M. genitalium. És a dir, van combinar les quatre lletres del DNA (A, C, G, T) per tal de generar una llarga tirallonga de més de mig milió de nucleòtids disposats en l'ordre correcte.
  3. El següent pas seria introduir aquest genoma sintètic en una cèl·lula de Mycoplasma genitalium a la que se li havia tret el seu genoma. L'ésser viu resultant seria el Mycoplasma laboratorium.
Però, fixeu-vos-hi, tan sols han generat el genom i l'han posat en una cèl·lula que ja tenia proetïnes, hidrats de carboni, lípids, membrana, ribosomes... Per tant, un resultat molt allunya de la pregunta que ens plantejàvem. Serà que encara no estem preparats?

Potser í. Hi ha investigadors que afirmen des de fa anys que aquest pas ja és possible, sempre que es dirigeixin bé els esforços. Com a exemple, us deixo aquest article de lliure accés de Forster i Church en el que podreu llegir què ens fa falta per a generar una cèl·lula completa. Us recomano l'esquema de la pàgina 3 en el que podreu comprovar la "simplicitat" de la cèl·lula més simple. Si estiguèssim davan un diagrama de relacions humanes... quina promisqüitat!

En fi... potser el que li falta a aquesta línia d'investigació és una aplicabilitat evident per a que hi hagi una inversió suficient de diner que impulsi el seu avenç.


Llegir l'article sencer

5/6/09

Articles científics que demostren l'homeopatia

Fa mesos, Elena va escriure aquesta magnífica entrada sobre els comentaris que acostumen a fer els "seguidors" de l'homeopatia per tal de defensar-la.

Un dels comentaris comentats era: "En els assajos clínics randomizats, controlats i doble cecs tradicionals se sol demostrar que l'homeopatia no funciona, però es deu al fet que no és correcte aplicar-los a l'homeopatia, només serveixen per a la medicina tradicional". Doncs bé, quina ha estat la meva sorpresa en trobar-me amb aquesta entrada (via microsiervos):

Llistat d'estudis de doble cec científicament controlats que demostren de forma concloent l'eficàcia de l'homeopatia

Paga la pena visitar la pàgina


Llegir l'article sencer

2/6/09

Preguntes sobre l'evolució: D'on ve la vida? IV

Després de tres entrades el panorama queda així (els punts 1, 2 y 4 estan totalment establerts i comprovats):

  1. Al principi ens trobem amb una Terra primigènia amb abundància de molècules inorgàniques i fonts externes d'energia.
  2. Gràcies a aquesta energia les molècules van combinant-se formant molècules cada cop més complexes.
  3. Diferents teories hipotetitzen què va passar en aquest espai de temps: Apareixen les primeres molècules autorreplicatives o les primeres rutes metabòliques autorreplicatives. Aparecen las primeras moléculas autorreplicativas o las primeras rutas metabólicas autorreplicativas
  4. Apareixen els primers éssers vius.
Segons la teoria més acceptada, en el pas 3 ens trobaríem amb una quantitat creixent de molècules d'RNA. L'RNA és important perquè no tan sols transporta informació genètica sinó que, a diferència del DNA, és capaç de "fer cosas". Més endavant alguns d'aquests primers éssers vius van incorporar proteïnes (que fan millor les coses) i DNA (que transporta de manera més estable la informació genètica). Els éssers vius que van incorporar aquestes millores es van imposar als que no les havien incorporat, els quals van acabar per desaparèixer per sempre.

La hipòtesis del món d'RNA està per demostrar, és cert, però això no la desacredita automàticament (si fos així moltes altres hipòtesis, científiques i, sobretot, no-científiques quedarien anul·lades de manera immediata). El nombre creixent de proves que s'esta recollint la van enfortint cada any que passa. Les hipòtesis que sí estan establertes absolutament és la de l'origen abiòtic de les molècules orgàniques i la de la procedència comú de tots els éssers vius actuals. TOTS els organismes de la Terra provenen dels supervivents de la carrera armamentística vital, d'aquells amb eines eficaces (proteïnes), i material genètic estable (DNA). Tots transportem la nostra informació en una combinació de 4 molècules (A, C, G i T, les quatre bases del DNA); tots generem RNA a partir del DNA; i tots generem proteïnes (formades per la combinació de les mateixes 20 totxanes) a partir de l'RNA. No us sembla senzillament meravellòs?

Una altra pregunta que podríem fer-nos és "per què" va sorgir la vida... Com pot sorgir un element ordenat en un univers que tendeix al desordre? Gràcies a l'energia... i a la pròpia complexitat del sistema. En aquest sentit, vull recomanar-vos el llibre Así de simple (us sona el nom?) de John Gribbin. En ell trobareu una explicació de la teoria del Caos i com aquesta pot ajudar a entendre el naixement -mai millor dit- de la vida. I, devidentment, no us podeu perdre Què és la vida? d'Erwin Schrödinger, i Què és la vida? o Microcosmos de Lynn Margulis i Dorion Sagan. Segurament parlarem més sobre aquests llibres en endavant. Els seguidors més "veterans" ja sabreu com m'agrada l'obra de Lynn Margulis, comentada a Gusiluz, el mol·lusc fotosintètic i la transferència horitzontal de gens y Spore-peniforme, de peixos fora de l'aigua al joc d'EA. Crec que és una injustícia que encara no tingui el premi Nobel. Però és clar, no n'hi ha de biologia... on li donarien? A Química? A medicina i fisiologia?


Llegir l'article sencer