Després de descobrir el seu alfabet (trist, per cert, només quatre lletres), entendre alguna de les seves paraules, saber com s'emmagatzema, com es llegeix, com es copia, com es tradueix, com ens dirigeix, el DNA, cabalística molècula, continua sent analitzat i continua sorprenent-nos diàriament.
El DNA, com un discurs polític, té moltes lletres, però poques d'elles interessen de debò. La majoria de text sembla no pintar gens. Les paraules que sí tenen significat són els famosos "gens", la resta de lletres, semblen posades aquí, a l'atzar, sense cap motiu 1.
Suposem que és així. Si teclegem a l'atzar quatre lletres qualssevol del teclat (diguem ACGT) unes 2.000 milions de vegades (si fóssim uns màquines en l'art de la pulsació mecanográfica, diguem 500 per minut, ens estaríem 7 dies i mig sense parar de teclejar ni un segon) esperaríem trobar totes les combinacions possibles dels distints grups de lletres. Dit d'una altra manera, si agaféssim tota aquesta fila d'informació inútil i la miréssim de quatre en quatre, observaríem, més o menys, una igual quantitat de les 256 possibilitats de quatre lletres. El mateix si les agrupem de cinc en cinc, de sis en sis, etc.
No obstant això, no fa tant, algú (segurament el seu ordinador) va analitzar totes les possibilitats d'agrupacions de lletres presents en el nostre genoma, amb la intenció de comprovar si totes aquestes agrupacions eren equiprobables, és a dir, tenien la mateixa probabilitat d'aparèixer. Volien saber si l'enorme frase del DNA "sense informació" estava escrita a l'atzar. I no va anar així. No només hi havia diferències en les probabilitats entre distintes agrupacions del mateix nombre de nucleòtids (les lletres) sinó que hi havia agrupacions que no apareixien mai!. Per exemple, de les 4.194.304 possibles paraules d'onze lletres, hi havia 80 totalment inexistents en el genoma humà. Semblava impossible. Milers de milions de lletres escrites, suposavem, a causa de l'atzar, i hi ha "paraules" que mai apareixen. A aquestes paraules se'ls va anomenar nulòmers.
Per què hi ha nulòmers? És la selecció natural la què actua sobre les regions "inútils" el DNA? Però, la selecció només funciona sobre allò que influeix en la viabilitat o l'èxit evolutiu de l'individu/espècie. Si la selecció actua sobre aquest DNA "inútil", aquest no serà tan inútil. El debat estava servit...
...però ha durat poc. En un article de PLoS se li ha donat una explicació que no inclou a la selecció. Les parelles CG de nucleótidos tenen una taxa de mutació més alta que la resta de parelles, són més volubles. Es transformen més ràpidament en altres lletres (A o T). Els nulòmers contenen unes 3 parelles CG, les quals desapareixen ràpidament, per tant, aquest nulòmer no s'observarà. Sembla ser que la selecció no censura cap paraula.
Un últim apunt de l'article. Sembla ser que els nulòmers, malgrat no ser-hi, serveixen per a saber si dues espècies tenen un avantpassat comú més proper que unes altres. El que li manca a dues espècies també serveix per a dir si són germanes o parents llunyans.
1 Nota per als puristes, que no purinistes: actualment es tendeix a incloure en la definició de gen aquelles regions del DNA que controlen quan, com i on van a ser "llegits"
El DNA, com un discurs polític, té moltes lletres, però poques d'elles interessen de debò. La majoria de text sembla no pintar gens. Les paraules que sí tenen significat són els famosos "gens", la resta de lletres, semblen posades aquí, a l'atzar, sense cap motiu 1.
Suposem que és així. Si teclegem a l'atzar quatre lletres qualssevol del teclat (diguem ACGT) unes 2.000 milions de vegades (si fóssim uns màquines en l'art de la pulsació mecanográfica, diguem 500 per minut, ens estaríem 7 dies i mig sense parar de teclejar ni un segon) esperaríem trobar totes les combinacions possibles dels distints grups de lletres. Dit d'una altra manera, si agaféssim tota aquesta fila d'informació inútil i la miréssim de quatre en quatre, observaríem, més o menys, una igual quantitat de les 256 possibilitats de quatre lletres. El mateix si les agrupem de cinc en cinc, de sis en sis, etc.
No obstant això, no fa tant, algú (segurament el seu ordinador) va analitzar totes les possibilitats d'agrupacions de lletres presents en el nostre genoma, amb la intenció de comprovar si totes aquestes agrupacions eren equiprobables, és a dir, tenien la mateixa probabilitat d'aparèixer. Volien saber si l'enorme frase del DNA "sense informació" estava escrita a l'atzar. I no va anar així. No només hi havia diferències en les probabilitats entre distintes agrupacions del mateix nombre de nucleòtids (les lletres) sinó que hi havia agrupacions que no apareixien mai!. Per exemple, de les 4.194.304 possibles paraules d'onze lletres, hi havia 80 totalment inexistents en el genoma humà. Semblava impossible. Milers de milions de lletres escrites, suposavem, a causa de l'atzar, i hi ha "paraules" que mai apareixen. A aquestes paraules se'ls va anomenar nulòmers.
Per què hi ha nulòmers? És la selecció natural la què actua sobre les regions "inútils" el DNA? Però, la selecció només funciona sobre allò que influeix en la viabilitat o l'èxit evolutiu de l'individu/espècie. Si la selecció actua sobre aquest DNA "inútil", aquest no serà tan inútil. El debat estava servit...
...però ha durat poc. En un article de PLoS se li ha donat una explicació que no inclou a la selecció. Les parelles CG de nucleótidos tenen una taxa de mutació més alta que la resta de parelles, són més volubles. Es transformen més ràpidament en altres lletres (A o T). Els nulòmers contenen unes 3 parelles CG, les quals desapareixen ràpidament, per tant, aquest nulòmer no s'observarà. Sembla ser que la selecció no censura cap paraula.
Un últim apunt de l'article. Sembla ser que els nulòmers, malgrat no ser-hi, serveixen per a saber si dues espècies tenen un avantpassat comú més proper que unes altres. El que li manca a dues espècies també serveix per a dir si són germanes o parents llunyans.
1 Nota per als puristes, que no purinistes: actualment es tendeix a incloure en la definició de gen aquelles regions del DNA que controlen quan, com i on van a ser "llegits"
Entrades
Cap comentari:
Publica un comentari a l'entrada